De Gauliga Bayern 1943/44 was het elfde voetbalkampioenschap van de Gauliga Bayern. Vanwege de perikelen in de Tweede Wereldoorlog werd de Gauliga onderverdeeld in twee regionale groepen. FC Nürnberg werd kampioen van de groep Noord en Bayern München van groep Zuid. Beide clubs plaatsten zich voor de eindronde om de Duitse landstitel. Bayern werd meteen uitgeschakeld door VfR Mannheim. Nürnberg versloeg NSTG Brüx, VfR Mannheim, KSG FV/AK Saarbrücken en verloor dan in de halve finale van Dresdner SC.