De Gauliga Baden 1938/39 was het zesde voetbalkampioenschap van de Gauliga Baden. VfR Mannheim werd kampioen en plaatste zich voor de eindronde om de Duitse landstitel, waar de club in de groepsfase uitgeschakeld werd.
Daar aan het einde van de competitie men nog niet wist dat enkele maanden later de Tweede Wereldoorlog zou uitbreken speelden Sandhofen en Neckarau een play-off om het behoud.