Fernández maakte op 14 september 2008 zijn debuut voor Estudiantes tegen in de Liga Apertura tegen Vélez Sársfield. Op 2 mei 2009 scoorde hij zijn eerste profdoelpunt tegen CA Lanús op aangeven van Juan Sebastián Verón. Later dat jaar won Estudiantes de Copa Libertadores 2009. In december 2010 werd hij voor meer dan drie miljoen euro aangetrokken door het Italiaanse SSC Napoli. Pas vanaf juli 2011 speelde hij voor Napoli omdat hij over een paspoort beschikte van buiten de Europese Unie. Op 2 november 2011 scoorde hij zijn eerste twee doelpunten met het hoofd voor Napoli in de Champions League tegen Bayern München. Napoli verloor de wedstrijd met 3-2. Op 30 januari 2013 werd besloten om Fernández wegens gebrek aan speelminuten zes maanden uit te lenen aan het Spaanse Getafe. In de zomertransferperiode keerde hij terug bij Napoli.