De plant wordt 2-10 cm hoog en heeft grijsgroene, draadvormige stengels. De tegenoverstaande bladeren zijn elliptisch en hebben één nerf.
Dwergvlas bloeit van juni tot september met 2-3 mm grote, witte bloemen. De bloem heeft vier kroonbladen. De kelkbladen zijn 1-1,5 mm lang en hebben aan de top twee of drie tandjes. De bloeiwijze is een gevorkt bijscherm.