Didier Zokora begon zijn voetbalcarrière bij ASEC Mimosas in Ivoorkust, en verhuisde in 2000 naar Racing Genk in België. Met Racing Genk werd hij in 2002 landskampioen. Datzelfde jaar werd hij ook voor het eerst opgeroepen voor het Ivoriaans voetbalelftal. In Belgisch Limburg speelde de Ivoriaan vooral als centrumverdediger, later werd hij opgesteld als verdedigende middenvelder.
In 2004 verhuisde Didier Zokora naar het FranseAS Saint-Étienne. In de zomer van 2006 tekende hij een contract bij Tottenham Hotspur van coach Martin Jol.
In juli 2009 maakte Zokora voor naar verluidt ongeveer 8.5 miljoen euro de overstap naar Sevilla FC.
In mei 2011 maakte hij voor naar verluidt 5 miljoen euro de overstap naar Trabzonspor. Zokora tekende bij deze club een contract van vier jaar. Eind april 2014 werd het contract bij Trabzonspor ontbonden. Vervolgens speelde Zokora voor Akhisar Belediyespor, FC Pune City (2015), NorthEast United FC (2016) en van april 2017 tot augustus 2017 voor Semen Padang FC.