In 2006 werd de Copa FPF, die gezien wordt als de zevende editie van de Copa Paulista de Futebol, gespeeld voor voetbalclubs uit de Braziliaanse staat São Paulo, die niet aantraden in de nationale reeksen. De competitie werd georganiseerd door de FPF en werd gespeeld van 15 juli tot 25 november. Ferroviária werd kampioen en plaatste zich zo voor de Copa do Brasil 2007. Vicekampioen Bragantino plaatste zich voor de Série C 2007 en kon via die weg zelfs promotie afdwingen naar de Série B.