Hij werd in 1964 ontslagen bij het toenmalige "Warner Bros Cartoons" vanwege een schending van het exclusiviteitscontract dat hij met dat bedrijf had. Jones had in 1962 namelijk geholpen bij de productie van de animatiefilm Gay Purr-ee van het bedrijf United Productions of America. Toen in 1967 Warner Brothers haar animatieafdeling opdoekte kocht Jones de bedrijfshal en richtte zijn eigen bedrijfje "Sib Tower 12 Productions" op. Met deze firma heeft hij in opdracht van MGM tientallen Tom en Jerry-tekenfilmpjes geregisseerd.
Ook later in zijn carrière bleef Jones een alom gerespecteerd en gewaardeerd expert op vlak van animatie. Hij kreeg een ere-Oscar in 1996 voor zijn bijdrage aan en succes in de ontwikkeling van de animatie.
