Kenmerkend voor het werk van Mingus is de combinatie van in de bigband- en rhythm-and-blues-traditie gewortelde arrangementen met bebopachtige, maar ook vrije improvisaties.
Het album The Black Saint and the Sinner Lady (1963) wordt door velen als Mingus' meesterwerk beschouwd. Mingus Ah-um (1959) en Mingus Mingus Mingus Mingus Mingus (1963) zijn toegankelijke kennismakingen met zijn werk.
Charles Mingus stond bekend als een grillige, soms opvliegende persoonlijkheid die perioden van manische bedrijvigheid afwisselde met maandenlange lethargie. Hij wordt wel beschouwd als de aanstichter van de vooral onder rock-'n-rollartiesten populair geworden gewoonte om op het podium muziekinstrumenten te vernielen.
Charles Mingus Presents Charles Mingus (1960, Candid)
Mingus! (1960, Candid)
Reincarnation of a Lovebird (1960, Candid)
Tonight at Noon (1961, Atlantic)
Oh Yeah (1961, Atlantic)
The Complete Town Hall Concert (Blue Note, 1962) bevat alle nummers uitgebracht op Town Hall Concert (United Artists, 1962)
The Black Saint and the Sinner Lady (1963, Impulse!)
Mingus Mingus Mingus Mingus Mingus (1963, Impulse!; soms naar verwezen als Five Mingus)
Mingus Plays Piano (1963, Impulse!)
Charles Mingus Sextet with Eric Dolphy Cornell 1964 (Blue Note, 1964)
Town Hall Concert (Jazz Workshop, 1964)
Revenge! (Revenge, 1964)
The Great Concert of Charles Mingus (America, 1964)
Mingus in Europe Volume I (Enja, 1964)
Mingus in Europe Volume II (Enja, 1964)
Right Now: Live at the Jazz Workshop (Fantasy, 1964)
Mingus at Monterey (Jazz Workshop, 1964)
Music Written for Monterey 1965 (Jazz Workshop, 1965)
Charles Mingus in Paris: The Complete America Session (Sunnyside, 1970) bevat alle nummers uitgebracht op Blue Bird (America, 1970) en Pithycathropus Erectus (America, 1970)
Charles Mingus Sextet In Berlin (1970, Beppo)
Charles Mingus with Orchestra (Denon, 1971)
Let My Children Hear Music (Columbia, 1972)
Charles Mingus and Friends in Concert (1972, Columbia)