Fontana kreeg les van zijn vader, een saxofonist en violist, en speelde na school ook in diens band. Hij studeerde muziekpedagogie aan Louisiana State University, daarnaast speelde hij in symfonieorkesten. Hij was actief in Woody Herman's "Third Herd" (1951-1954) en speelde bij Al Belletto (1952-1953), Lionel Hampton (1954) en Hal McIntyre (1954/1955). In het orkest van Stan Kenton speelde hij ook als solist (1955/1956). In 1956/1957 werkte hij bij Kai Winding. Na een korte terugkeer bij Herman (december 1957), vertrok hij in 1958 naar Las Vegas. In de jaren zestig en zeventig speelde hij hier in houseorchestras en lounges (onder andere in de band van Paul Anka). In 1966 was Fontana bij Benny Goodman en ging hij met Woody Herman op tournee in Europese en Afrika. Hij werkte met trompettistDuško Gojković (circa 1967) en was, vanaf 1968, lid van The World's Greatest Jazz Band van Bob Haggart en Yank Lawson. Vanaf 1973 was hij actief in de groep Supersax. Fontana had vanaf 1975 een band met drummerJake Hanna, waarmee hij naar japan ging. In de jaren tachtig trad hij regelmatig op in "Monday Night Jazz", een show van National Public Radio. In 1985 maakte hij voor het eerst onder eigen naam een plaat op, onder meer met Al Cohn. Vanaf de jaren negentig trad hij niet meer op in Vegas-bands. Wel leidde hij hier nog met saxofonist Arno Marsh een kwintet, dat verschillende live-albums uitbracht.
Fontana leed aan het einde van zijn leven aan Alzheimer.
Discografie (selectie)
Belgrade Blues (Duško Gojković Sextet feat. Sal Nistico en Carl Fontana), RTB Records, 1967
Live at Concord (Hanna-Fontana Band), Concord Jazz, 1975
