Lobonț begon met voetballen bij FC Corvinul Hunedoara, waar hij tot 1997 speelde. Hij verhuisde in dat jaar naar Rapid Boekarest. Lobonț was succesvol bij deze club en hij werd opgemerkt door de scouts van AFC Ajax, waar hij in 2000 naar verhuisde. Op 26 november 2000 maakte hij zijn debuut voor de club, in een met 2-1 verloren uitwedstrijd tegen FC Utrecht. In zijn tweede seizoen werd hij, geplaagd door blessures en met een gebrek aan ervaring, uitgeleend aan Dinamo Boekarest. Bij zijn terugkeer bij Ajax werd hij eerste keeper, maar door meer blessures en fluctuerende vorm was hij niet de eerste keus voor het daarop volgende jaar.
De laatst opvallende wedstrijd van Bogdan Lobonț voor Ajax is de wedstrijd in Nijmegen tegen N.E.C. in het seizoen 2004/2005. Maarten Stekelenburg moest na een botsing met Romano Denneboom geblesseerd van het veld en Lobonț zat op de bank en moest er dus in. NEC kreeg een penalty, die door Lobonț werd gestopt, waardoor Ajax met 1-0 won.
Op 20 januari 2006 verliet Lobonț AFC Ajax voor ACF Fiorentina. Omdat eerste doelman Sébastien Frey door een blessure een half jaar aan de kant stond, werd Lobonț aangetrokken als vervanger.
In zijn eerste periode bij Fiorentina kon Lobonț nog rekenen op een basisplaats. In het seizoen 2006/07 was Frey echter weer hersteld van zijn blessure. Op 14 januari 2007 werd bekendgemaakt dat de speler voor 500.000 euro vertrekt naar Dinamo Boekarest.
Op 31 augustus 2009 verttrok de Roemeen op huurbasis (met een optie tot koop) naar AS Roma. Lobonț was daarvoor al enkele weken in training bij Roma, waar hij onder toeziend oog van de medische staf herstelde van een kruisbandblessure waaraan hij in april 2009 werd geopereerd. AS Roma nam hem na zijn huurperiode definitief over en hield hem aan als reservedoelman. Hij verlengde in juli 2016 zijn contract bij de club tot medio 2018.[1]