In 1544 wordt de molen voor het eerst vermeld als eigendom van graaf Lamoraal van Egmont, die de molen van acht mud verpachtte aan een zekere Jan vanden Broeck. Pas in de nasleep van de Franse Revolutie kwam de Boembekemolen, net als zovele andere kerkelijke en adellijke eigendommen, in particulier bezit terecht. In de tweede helft van de 19de eeuw verloor de Boembekemolen geleidelijk aan zijn laatmiddeleeuwse uitzicht. Houten onderdelen werden vervangen door gietijzer en ook de gebouwen zelf werden aanzienlijk uitgebreid. Rond 1900 deed het industriële tijdperk zijn intrede met de plaatsing van een stoommachine die later werd vervangen door de nog steeds aanwezige dieselmotor.
De molen is buiten dienst sinds 1967, toen de molenaar Leon De Poorter omkwam tijdens een boerenbetoging in Oudenaarde nam zijn zoon Cristian De Poortere het over. Kort daarna raakte de watermolen in verval. Vandaag is de molen eigendom van Natuurpunt. Voor de restauratie van de molen werd de vzw Boembeke opgericht. Die heeft de molen opnieuw maalvaardig gemaakt en omgebouwd tot een bezoekersruimte van het natuurgebied Middenloop Zwalm met een cafetaria en de tentoonstelling "Sporen in de Tijd" over het Mijnwerkerspad.
Sinds 2021 is de molen aangepast tot volwaardig 'Bezoekerscentrum Vlaamse Ardennen - Boembekemolen', met informatiepunt, speelnatuur en een natuurbelevingspad.[1][2]
Instandhoudingswerken
De gemeente Brakel verleende begin 2007 een bouwvergunning voor het uitvoeren van de instandhoudingswerken.
In november 2007 werd de aanneming toegewezen aan de firma Aquastra. De werken werden begroot op 47.360 € (excl. BTW). Op 13 december 2007 werd met de werken gestart met het buitenhalen van de dieselmotor. De oplevering had plaats op 17 april 2008.
Een eerste stap naar restauratie: de dieselmotor
Na het buitenhalen van motor, naar aanleiding van de instandhoudingswerkzaamheden, werd hij door een deskundig hersteller nagekeken. Op basis van dat vooronderzoek werd beslist de motor te laten restaureren.