Van 2001 tot 2006 was Kuiken werkzaam op het directoraat-generaal Veiligheid van het ministerie van Binnenlandse Zaken. Kuiken was daar van 2001 tot 2002 junior beleidsmedewerker en van 2002 tot 2004 projectmedewerker Risicobeleid bij de directie Rampenbeheersing en Brand. Van 2004 tot 2006 was zij daar beleidsmedewerker Integraal Veiligheidsbeleid en in 2006 hoofd Stafbureau bij de directie Strategie.[1]
Tweede Kamer
Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 2006 stond Kuiken op plek 12 op de kandidatenlijst van de PvdA. Zij werd direct gekozen en kreeg 2797 voorkeurstemmen. Haar maidenspeech hield zij op 31 januari 2007 bij het debat over de begroting Binnenlandse Zaken voor 2007. In de PvdA-fractie kreeg Kuiken in eerste instantie de portefeuille veiligheid (onder meer rampenbestrijding), openbare orde, criminaliteitsbestrijding, strafrechttoepassing en internationale justitiële samenwerking, en in maart 2012 die van asiel en immigratie. Van 19 januari tot en met 10 mei 2010 was Kuiken met zwangerschapsverlof, waarbij zij werd vervangen door Saskia Laaper.
Bij de Tweede Kamerverkiezingen 2017 stond Kuiken op plek 6 op de kandidatenlijst. Bij de Tweede Kamerverkiezingen 2021 stond Kuiken op plek 4 op de kandidatenlijst. Na het vertrek van Lilianne Ploumen als fractievoorzitter van de PvdA meldde zij zich als kandidaat voor het fractievoorzitterschap met als tegenstander Henk Nijboer. Op 22 april 2022 werd zij verkozen als fractievoorzitter.[5] Op 11 juni van dat jaar werd zij tijdens een partijcongres verkozen tot politiek leider van de PvdA.[6]
Op 18 augustus 2023 maakte Kuiken bekend dat zij niet terugkeert in de Tweede Kamer na de verkiezingen van 22 november 2023. Als reden van haar vertrek gaf ze aan 'lucht voor anderen te willen scheppen'.[7] Toen de PvdA-fractie op 27 oktober 2023 samenging met die van GroenLinks, werd Jesse Klaver van GroenLinks de nieuwe voorzitter, waarmee Kuikens fractievoorzitterschap ten einde kwam.