Zijn regeerperiode wordt gekenmerkt door de bouw van een aantal vestingwerken aan de kust, hij bouwde ook het aquaduct dat water van de hoogvlakte van Rabat naar Valletta bracht. Tevens was hij de beschermheer van Caravaggio die hij uit Italië naar Malta had gehaald. Hij bleef de schilder steunen, ondanks de vele grillen die de schilder had. Wignacourt werd na zijn dood opgevolgd door Luis Mendez de Vasconcellos.
Zijn sierharnas is een van de schatten van het Paleiselijk Arsenaal in Valletta. Tevens was hij een neef van de latere Grootmeester Adrien de Wignacourt.
