Van Giffen werd geboren als zoon van een hervormd predikant. Hij groeide op in het Drentse Diever, waar hij zijn eerste ervaring met de archeologie had. Als jongen maakte hij mee dat in de Ossekoele, waar vroeger de ossen werden gewassen, opgravingen plaatsvonden.
Van Giffen is veruit de bekendste Nederlandse archeoloog van de twintigste eeuw. Zijn opgravingen richtten zich voornamelijk op wierden, hunebedden, grafheuvels en urnenvelden. In de meest letterlijke zin gaf hij Nederland en zeker ook Noord-Nederland, zijn eigen voorhistorie. Hij woonde en werkte het grootste deel van zijn leven in en vanuit Groningen.
In 1930 kocht Van Giffen heidegrond bij Diever en liet daar de directiekeet neerzetten van zijn opgraving in Ezinge, dat zijn zomerhuis, De Heezeberg, werd. Hij verbleef er veel tijdens de zomermaanden en schreef er een groot deel van zijn publicaties. Hij overleed op 89-jarige leeftijd in Zwolle en is begraven in Diever.
In het Groninger Museum vond van december 2005 tot april 2006 de tentoonstelling Professor van Giffen en het geheim van de wierden plaats. Tegelijkertijd verscheen onder gelijke titel een non-fictie boek waarin foto's opgenomen zijn. In het tijdschrift van het museum, het Groninger Museum Magazine van 2006, wordt uitgebreid verhaald hoe Van Giffen het onderzoek van de wierden heeft opgezet.
Het eerste archeologische project van Van Giffen was in 1908 als opziener bij de afgravingen van de wierde van Dorkwerd. Jhr. mr. Johan Adriaan Feith, de Groningse rijksarchivaris, had hem aangespoord archeoloog te worden.
Ezinge
Met zijn opgravingen in Ezinge in de jaren 1920 en 1930 legde Van Giffen als eerste de structuur van een dorp door de eeuwen heen in zijn geheel bloot. Tijdens dit project ontwikkelde hij de zogenaamde kwadranten- of taartpuntmethode, waarbij de plek van onderzoek in zowel verticale als horizontale sleuven wordt afgegraven. Op deze manier wordt een maximum aan gegevens verkregen met een minimale verstoring. Tot die tijd werd een vindplaats in zijn geheel, laag voor laag, afgegraven, maar door de nieuwe methode bleef een deel van de vindplaats onaangeroerd bewaard.
In Museum Wierdenland in Ezinge is informatie te vinden over zijn opgravingen aldaar, de wijze waarop de opgravingen tot stand zijn gekomen en het door Van Giffen blootgelegde paardengraf.
Hunebedden
Naast zijn werk in Groningen verrichtte Van Giffen veel onderzoek in Drenthe. Hij bracht alle nog bestaande hunebedden in kaart en verrichtte bij meerdere daarvan bodemonderzoek. In 1925-1927 publiceerde hij hierover een drieledig boek dat nog steeds als standaardwerk wordt beschouwd. Zonder zijn inspanningen zou waarschijnlijk een groot deel van de nu aanwezige hunebedden niet meer hebben bestaan. Naast onderzoek heeft hij veel ingestorte en deels vernielde hunebedden gerestaureerd.
Plaquette van Albert Egges van Giffen bij het hunebed de Papeloze kerk
"Taartpuntmethode" van Van Giffen (1927)
Het door Van Giffen in 1953/1954 gerestaureerde, bij zijn landgoed De Heezeberg te Diever gelegen, hunebed D52
De Papeloze kerk een door Van Giffen in 1959 gerestaureerd hunebed nabij Schoonoord
Opgraving Domplein te Utrecht in 1933 met o.a. Romeinse barakmuur
Literatuur (selectie)
H.T. WaterbolkA.E. van Giffen, 1884-1973, in Palaeohistoria XV, uitg. Fibula-Van Dischoeck, Bussum, 1973, pag. 7-12