He is bekannt för Arbeiten to de Proteinfaltung, insbesünnere ab initio Proteinstruktur-Vorherseggen mit den Rosetta-Algorithmus, för de he dat Rosetta@home-Projekt up den Weg brocht hett (ebenso as dat Foldit-Projekt, en Online-Wettbewarf um bestmögelk Struktur-Afleiten vun Proteinen), um de dorto nödig upwändig Reeknungen mit verdeelten Reeken uttoführen. Sien Labor nimmt regelmatig an CASP deel. Baker is an dat Howard Hughes Medical Institute tätig.
Sien Ehefru Hannele Ruohola-Baker is ebenfalls Biochemie-Perfessersche an de University of Washington.