Berikut ialah senarai 47 bandar dan pekan yang terdapat di Estonia. Sebelum Republik Estonia menjadi sebuah negara merdeka pada tahun 1918, kebanyakan lokasi ini dikenali di seluruh dunia dengan nama bahasa Jerman mereka yang kadangkala agak berbeza daripada yang digunakan dalam bahasa Estonia. Semasa pendudukan Soviet di Estonia 1944–1991, nama tempat telah dialih huruf ke dalam bahasa Rusia (abjad Cyrillic) dalam dokumen kerajaan pusat Soviet, yang seterusnya membawa kepada penggunaan beberapa transliterasi belakang yang salah daripada abjad Rusia (Cyrillic) ke dalam bahasa Inggeris (dan lain-lain). (Abjad Latin) dalam beberapa peta dan teks bahasa Inggeris pada separuh kedua abad ke-20 (contohnya, Pyarnu, Vilyandi, Pylva yang salah, bukannya Pärnu, Viljandi, Põlva yang betul).
Tallinn ialah ibu kota dan bandar yang mempunyai paling ramai penduduk di Estonia. Terdapat 46 linn lain, iaitu bandar dan pekan di Estonia (sehingga 2022). Perkataan Estonia linn bermaksud kedua-dua "sebuah bandar" atau "sebuah bandar". Lebih daripada 70% penduduk negara tinggal di bandar dan pekan.