Pada 31 Ogos 2008, BPR telah menahan beliau kerana disyaki menerima suapan daripada seorang kontraktor di sebuah restoran di Mantin, Seremban, Negeri Sembilan. Satu pasukan pegawai BPR membawa beliau ke Ibu Pejabat BPR Negeri Sembilan di Jalan Dato’ Klana Maamor, Seremban bersama isterinya. Beliau dibebaskan dengan ikat jamin BPR.[2] Ini menyebabkan timbulnya desas desus pada 19 Oktober 2009 bahawa beliau akan meletakkan jawatan tetapi dinafikan oleh UMNO Negeri Sembilan.[3]
Pada 14 April 2010, Hakim Amran Jantan di Mahkamah Sesyen Seremban mendapati Mustafa Salim tidak melakukan tiga tuduhan rasuah. Beliau berhadapan Seksyen 10 (a)(aa) Akta Pencegahan Rasuah 1997 yang boleh dihukum Seksyen 16 di bawah Akta Undang-Undang Malaysia (Akta 575) yang sama.
Tuduhan 1: Mustafa dituduh menerima suapan RM3,000 daripada M.Manimaran melalui Mustafa Pendek di Lot 1321, Mukim Pantai di Seremban pada 28 Ogos 2008, jam 11 pagi, sebagai balasan mengeluarkan surat sokongan untuk Manimaran bagi mendapatkan permit menjual pasir.
Tuduhan 2: Mustafa juga dituduh menerima RM2,000 daripada Manimaran untuk tujuan yang sama di Jahrin Maju Restaurant, Taman Bunga Raya 2, Mantin, pada pukul 5 petang, 31 Ogos, 2008.
Tuduhan 3: Mustafa didakwa meminta RM2,000 daripada Manimaran di pejabat Suruhanjaya Pencegahan Rasuah Malaysia (SPRM) Negeri Sembilan di Jalan Datuk Klana Ma'amor, pada 30 Ogos, 2008, pukul 9.05 malam.
Pendakwaan oleh Timbalan Pendakwa Raya SPRM negeri Feza Fazlin Fandi . Mustafa diwakili peguam Feisal Mustapha dan Datuk Taqiyuddin Yahya.[4]
Pada 4 Mac 2011, Hakim Mahkamah Sesyen Amran Jantan di Mahkamah Sesyen Seremban memutuskan beliau bersalah menerima rasuah RM 2000 bagi mengeluarkan surat sokongan projek pasir pada 31 Ogos 2008. Hukumannya nanti mungkin penjara 14 hari hingga 20 tahun dan didenda lima kali jumlah rasuah atau minimum RM10,000. Kelayakan sebagai wakil rakyat DUN Lenggeng boleh gugur kerana dipenjara lebihn setahun atau denda lebin RM2000.[5]
Pada 1 April 2011, beliau dijatuhi hukuman penjara tiga tahun dan denda sebanyak RM20,000 dan dibenarkan mmbuat rayuan.[6]
Walaubagaimanapun, Mahkamah Akhirnya memutuskan Anggota dewan undangan negeri (ADUN) Lenggeng, Mustafa Salim dilepas dan dibebaskan oleh Mahkamah Sesyen Seremban daripada tiga tuduhan rasuah. Hakim Amran Jantan membuat keputusan itu setelah mendapati pihak pendakwaan gagal membuktikan kes melampaui keraguan - Sumber Malaysiakini , MStar dan Utusan Online
