Ada 44 pasukan Asia yang mempunyai sekutu dengan FIFA, tetapi Kemboja, Filipina, Bhutan dan Brunei Darussalam telah memutuskan untuk tidak mengambil bahagian, dan Myanmar telah dihalang daripada menyertai pertandingan, maka sejumlah 39 pasukan mengambil bahagian, bertanding untuk 4.5 tempat di dalam Piala Dunia.
Kejohanan kelayakan ini mengandungi tiga pusingan. Hanya 14 pasukan terbawah menurut FIFA mengambil bahagian di dalam Pusingan Awal, yang mana mereka dipasangkan 2-dengan-2 dan telah bermain perlawanan kalah mati di tempat sendiri dan tempat lawan. Pemenang 7 akan bergabung dengan 25 pasukan lain dalam Pusingan Kedua, yang mana 32 pasukan akan dibahagikan kepada 8 kumpulan yang setiapnya mempunyai 4 pasukan. Pasukan-pasukan pada setiap kumpulan akan bermain melawan satu sama lain di tempat sendiri atau di tempat lawan, dan kumpulan yang paling banyak dalam setiap pasukan akan mara ke pusingan ketiga.
Di dalam Pusingan ketiga, baki 8 pasukan akan dibahagikan di dalam dua kumpulan yang mana setiap daripadanya mengandungi 4 pasukan, yang mana akan bermain menentang sesama mereka dalam perlawanan tempat sendiri dan tempat lawan. Dua pasukan yang mempunyai kelebihan mata pada setiap kumpulan akan layak ke Piala Dunia. Dua pasukan tempat ketiga akan bermain secara timbal balik dalam perlawanan tempat sendiri dan tempat lawan. Pemenang play-off akan bermain menentang pasukan tempat keempat di dalam Pusingan Akhir CONCACAF di dalam satu perlawanan timbal balik antara benua bagi mendapatkan satu tempat di dalam Piala Dunia.
Pemecah seri
Sekiranya pasukan yang mendapat mata sama walaupun pada akhir kelayakan kumpulan, pasukan yang setara akan ditempatkan berpangkat seperti berikut:
bilangan mata lebih besar diperolehi dalam perlawanan di antara pasukan-pasukan yang sama mata
perbezaan gol diantara perlawanan pasukan yang terikat mata sama
bilangan jaringan gol yang lebih besar dalam perlawanan antara pasukan-pasukan yang terikat sama mata
perbezaan gol dalam semua perlawanan kumpulan
bilangan jaringan gol yang lebih besar dalam semua perlawanan kumpulan
satu perlawanan play-off dalam padang neutral, dengan tambahan masa dan penalti jika perlu (dalam kelayakan)
undian (pada acara akhir)
Terdapat perubahan daripada Piala Dunia FIFA 2002 , di mana jumlah perbezaan gol merupakan pemecah seri yang pertama.
Guam dan Nepal dijadual bermain menentang satu sama lain pada 21 November dan 25; Nepal menarik diri, jadi Guam mara ke pusingan ke-2, tetapi Guam kemudian menarik diri.
FIFA kemudian memutuskan untuk memilih pasukan "kalah yang bertuah", untuk memilih pasukan yang kalah terbaik itu, mara ke Pusingan Kedua.
Perbandingan yang kalah, menggunakan kriteria berikut untuk menentukan keputusan: a) Bilangan mata; b) perbezaan gol; c) jaringan gol.
Dalam pusingan ketiga, 8 pasukan yang memenangi kumpulan mereka pada pusingan sebelum ini telah berpecah kepada dua kumpulan empat pasukan setiap satu. Pasukan bermain di tempat sendiri dan tempat lawan dengan pasukan lain dalam kumpulan mereka, dan dua pasukan teratas layak ke Piala Dunia FIFA 2006. Sementara itu, pasukan tangga ketiga memasuki Play-off untuk menentukan siapa yang akan bertanding di play-off AFC-CONCACAF .
Pasukan penamat di tempat ke-3 dalam kumpulan pusingan ketiga bermain antara satu sama lain untuk menentukan pasukan ke-5 layak dari Asia. Perlawanan pertama pada asalnya dimainkan pada 3 September 2005 tetapi perlawanan itu telah diarahkan untuk dimainkan oleh FIFA selepas kesilapan pengadil. Dengan Uzbekistan yang membawa kelebihan 1-0, penalti yang telah dianugerahkan kepada mereka tetapi pengadil tidak membenarkan gol yang terhasil dan menawarkan sepakan percuma tidak langsung kepada Bahrain untuk pencerobohan. Uzbekistan telah secara rasmi meminta untuk perlawanan yang akan direkodkan sebagai kemenangan automatik 3-0.[1]
Pemenang Pusingan Keempat kemudian bermain pasukan tangga keempat daripada kumpulan kelayakan CONCACAF, Trinidad dan Tobago, dalam play-off bermain di tempat sendiri dan tempat lawan. Pemenang play-off ini layak ke Piala Dunia FIFA 2006.