Kotabaru memiliki beberapa 90 pulau kecil, 31 di antaranya belum bernama. Kecamatan Kelumpang Tengah memiliki 21 pulau kecil, Kecamatan Pulau Sebuku memiliki 10 pulau kecil, Kecamatan Pulau Laut Selatan memiliki 23 pulau kecil, dan lain-lain. Pulau-pulau di Kotabaru di antaranya: