Kepulauan Comoro terdiri daripada empat pulau utama yang sejajar di sepanjang paksi barat laut-tenggara di hujung utara Selat Mozambique, antara Mozambique dan pulau Madagaskar. Masih dikenali secara meluas dengan nama Perancis mereka, pulau-pulau itu secara rasmi telah dipanggil dengan nama Swahili mereka oleh kerajaan Comorian. Mereka ialah Grande Comore (Njazidja), Mohéli (Mwali), Anjouan (Nzwani), dan Mayotte (Mahoré). Jarak pulau antara satu sama lain—Grande Comore adalah kira-kira 200 kilometer dari Mayotte, empat puluh kilometer dari Mohéli dan lapan puluh kilometer dari Anjouan—bersama-sama dengan kekurangan kemudahan pelabuhan yang baik, menyukarkan pengangkutan dan komunikasi. Comoros adalah pulau yang cerah.
Grande Comore ialah pulau terbesar, enam puluh tujuh kilometer panjang dan dua puluh tujuh kilometer lebar, dengan keluasan keseluruhan 1,146 kilometer persegi. Yang paling baru terbentuk daripada empat pulau di Nusantara, ia juga berasal dari gunung berapi. Dua gunung berapi membentuk ciri topografi pulau yang paling menonjol: La Grille di utara, dengan ketinggian 1,000 meter, telah pupus dan sebahagian besarnya terhakis; Kartala di selatan, meningkat kepada ketinggian 2,361 meter, kali terakhir meletus pada 1977. Dataran tinggi dengan purata 600 hingga 700 meter tinggi menghubungkan kedua-dua gunung. Oleh kerana Grande Comore secara geologi adalah sebuah pulau yang agak baru, tanahnya nipis dan berbatu dan tidak dapat menampung air. Akibatnya, air daripada hujan lebat di pulau itu mesti disimpan dalam tangki tadahan. Tiada terumbu karang di sepanjang pantai, dan pulau itu tidak mempunyai pelabuhan yang baik untuk kapal. Salah satu peninggalan terbesar hutan hujan Comoros yang dahulunya luas adalah di lereng Kartala. Ibu negara telah berada di Moroni sejak 1962.
Anjouan, berbentuk segi tiga dan empat puluh kilometer dari puncak ke pangkal, mempunyai keluasan 424 kilometer persegi. Tiga rantai gunung — Sima, Nioumakele, dan Jimilime—terpancar dari puncak tengah, Mtingui (1,575 m), memberikan pulau itu bentuknya yang tersendiri. Lebih tua daripada Grande Comore, Anjouan mempunyai litupan tanah yang lebih dalam, tetapi penanaman berlebihan telah menyebabkan hakisan yang serius. Terumbu karang terletak berhampiran dengan pantai; ibu kota pulau Mutsamudu juga merupakan pelabuhan utamanya.
Mohéli adalah tiga puluh kilometer panjang dan dua belas kilometer lebar, dengan keluasan 290 kilometer persegi. Ia adalah yang terkecil daripada empat pulau dan mempunyai rantaian gunung tengah mencapai 860 meter pada ketinggiannya. Seperti Grande Comore, ia mengekalkan dirian hutan hujan. Ibu kota Mohéli ialah Fomboni.
Mayotte, secara geologi yang tertua daripada empat pulau, adalah tiga puluh sembilan kilometer panjang dan dua puluh dua kilometer lebar, berjumlah 375 kilometer persegi, dan titik tertingginya adalah antara 500 dan 600 meter di atas paras laut. Kerana luluhawa batu gunung berapi yang lebih besar, tanahnya agak kaya di beberapa kawasan. Terumbu karang yang dibangunkan dengan baik yang mengelilingi sebahagian besar pulau memastikan perlindungan untuk kapal dan habitat ikan. Dzaoudzi, ibu kota Comoros sehingga 1962 dan kini pusat pentadbiran Mayotte, terletak di kawasan berbatu di luar pantai timur pulau utama. Dzaoudzi dihubungkan oleh tambak ke le Pamanzi, yang terletak di kawasan sepuluh kilometer adalah yang terbesar daripada beberapa pulau kecil bersebelahan dengan Mayotte. Pulau kecil juga bertaburan di perairan pantai Mayotte seperti di Grande Comore, Anjouan dan Mohéli.