Со одлука на Владата на Република Македонија за утврдување на мрежата на национални установи од областа на културата (Службен весник на РМ број: 84/2003), Заводот за заштита на спомениците на културата, музеј и галерија Битола доби статус на национална установа од областа на културата и се преименува во Завод за заштита на спомениците на културата и музеј Битола, односно Завод и музеј Битола.
Денес, Заводот за заштита на спомениците на културата и музеј Битола, е национална установа од областа на културата чија основна дејност е заштита, систематизација, научна обработка и презентација на културното наследство во Општина Битола.
Својата дејност, програма, цели и задачи, институцијата ги остварува преку секторите за музејска дејност, заштитна дејност и секторот за заеднички служби.
Во установата се вработени 48 лица од кои 31 лице е со висока стручна подготовка.
Заводот и музеј Битола во вршењето на својата дејност ги користи следните објекти: