Кон средината на XVIII век, шпанскиот езуитскисвештеник Габриел (го игра Ајронс) оди длабоко во џунглата во североисточниот дел на Аргентина и источниот дел на Парагвај, каде воспоставува мисија со намера локалното индијанско население да го преобрати во христијанството. Индијанците го заробуваат отец Габриел, но потоа се однесуваат добро кон него. Истовремено, Родриго Мендоса (го игра де Ниро) ги лови Индијанците и ги продава како робови. Откако неговата љубовница му кажува дека е вљубена во неговиот брат Филипе (го игра Квин), Родриго го убива Филипе, а потоа запаѓа во депресија. Отецот Габриел го посетува Родриго и го убедува да му се придружи во неговата мисија во џунглата, каде подоцна Родриго станува калуѓер.
Меѓутоа, со Спогодбата од Мадрид, заклучена во 1750 година, индијанската територија преминува од шанска во португалска власт, а папата го испраќа својот пратеник, кардиналот Алтамирано (го игра Меканали) за да донесе пресуда за статусот на езуитските мисии во таа област. Кардиналот ги посетува мисиите каде дознава дека индијанското население живее во изобилство и во правда, но препорачува мисиите да се затворат а Индијанците да се вратат во џунглата. Свештениците Габриел и Џон (го игра Нисон), заедно со Родриго, решаваат да останат во мисијата и набргу се принудени да се соочат со војската и со платениците. Притоа, отецот Габриел смета дека насилството не е добро, додека Џон и Родриго ги организираат Индијанците во одбрана на мисијата. Во борбата со напаѓачите има бројни жртви на двете страни, но на крајот Џон и Родриго се убиени, а отпорот на Индијанците е скршен. Најпосле, напаѓачите го палат селото, ги масакрираат жените и децата и го убиваат отецот Габриел.
