Роден во местото Сант Пезен и се школувал во Виша нормална школа, дипломирајќи како првенец во својата класа во 1862 година.[1]
Бил назначен за директор на Марсејската опсерваторија од 1864 до 1907 (до 1872 г. бил подреден на Ирбен Леверје).[2] Во почетокот на својата кариера, имал ограничени можности за набљудувања бдејќи бил презафатен со подобрувањето на опсерваторијата.[1] Во 1866 година го открива астероидот89 Јулија.[1] Во 1867 година го користи новиот телескоп за да го набљудува преминот на Меркур.[1]
Во периодот меѓу 1870 и 1875, Стефан систематично ги проучувал маглините, со што прецизно ги одредил местоположбите и попатно открил уште многу нови маглини.[1] Неговата цел била да изнајде точно одредувањена вредностите за соодветните движења на ѕвездите со создавање на појдовен систем на статични објекти.[1]
Во 1873 година, Стефан бил првата личност која се обидела да го измери аголниот пречник на една ѕвезда со употреба на интерферометрија, на тој начин што 80 см телескоп во Марсејската опсерваторија го направил интерферометар.[3] Тој тоа го сторил на начин што одреден дел од стаклото на рефлекторот го покрил со маска на која имало два отвори.[4]
Ѕвездата која ја избрал за својот опит била ѕвездата Сириус.[5] Но не успеал да добие резултат во кои би се набљудувал ѕвездениот диск,[4] но во 1874 година успева да ја добие горната граница на ѕвездените пречници од 0.158".[6]
Во 1882 година ја открил галаксијата NGC 6027 користејќи го 80 см рефлектор.[7]
Позначајни откритија се Стефановиот Квинтет, познат и како „Арп 319“, група од 5 галаксии.[8] Стефан ова откритие го постигнал сом првиот телескоп на кој имало монтирано рефлекторско огледало.[9]