Македонија содржи голем дел од биоразновидноста на континентот, иако со својата површина од 25.713 км² зафаќа само 0,26% од неговата територија. Како таква, разновидноста на видовите во Македонија е поголема од 54 до 264 пати (кај рибите односно птиците) од просечната европска разновидност. Содржајноста на разновидноста во земјата во однос на целиот континент е: 33,64% кај васкуларните растенија, 14% кај слатководнитериби, 20,3% кај водоземците, 25,2% кај влекачите, 64% кај птиците и 29% кај цицачите. Државата опфаќа 70-90% од вкупната разновидност на Балканскиот Полуостров.[1]
Според Националната стратегија за биолошка разновидност со Акциски план за период (2018–2023), на национално ниво се утврдени: 2.095 алгални таксони, над 2.000 видови габи, 450 вида лишаи, над 500 таксони на мовови, 3.500 видови од флората, 85 видови риби, 14 водоземци, 32 видови влекачи, 334 птици и 85 видови цицачи.[2]Критично загрозени се 6 видови габи, 6 видови растенија и 1 вид цицач.[3]
За клучни екосистеми во земјата се сметаат шумските, планинските, сувите тревести и водните.
Габи и лишаи
Габите во Македеонија се од доста разнородно потекло, иако голем дел се мошне малку проучени. Досега се регистрирани 1.053 видови на габи и 354 видови лишаи, но ниеден ендемски вид од двете групи.
Богатството на македонската флора се должи на повеќето флористички елементи (терциерни реликти, средоземни, грчко-малоазиски, илирски, кавкаски, средноевропски, евроазиски, аркто-алпски и космополити) и висок степен на ендемизам.[1] Опфаќа 210 фамилии, 920 родови и околу 3.700 видови. Најбројна група се скриеносемениците со околу 3.200 видови, па мововите со 398 и папратите со 45 видови.
Од вкупно 115 ендемски растенија во земјата, 114 се скриеносеменици. Од нив 109 се дикотиледони, а 5 се монокотиледони. Со најголем удел на ендемизам се одликуваат следиве фамилии:[1]
Фауната на Македонија исто така се одликува со голема разновидност (10.354 видови), предизвикана од разновидното зоогеографско потекло на елементите, како и на присуството на реликтни и ендемски облици.
Во земјата има 668 ендемски животни, што претставува 6,45% од вкупниот број на забележани видови. Најзастапени во разновидноста се членконогите, со вкупно 8.234 видови, од кои 383 се ендемски. Разложено на одделни типови, степенот на ендемизам кај животните во Македонија е следниов:[1]