Dižkunigaiša Ģedimina valdīšanas laikā Lietuvas dižkunigaitiju sadalīja dalienas kņazistēs (kunigaitijās). Pēc Ģedimina nāves 1341. gadā viņa dēla Ķēstuta pārvaldībā bija Traķu kunigaitija, Grodņas kunigaitija un Žemaitija. Viņa galvenā rezidence bija Senajā Traķu pilī (Senieji Trakai) netālu no mūsdienu Traķiem. Viņa brālis Aļģirds 1345. gadā kļuva par dižkunigaiti un valdīja pār Viļņu un Lietuvai pakļautajām krievu kņazistēm.
Lietuvas pilsoņu kara laikā (1389–1392) rezultātā par Lietuvas dižkunigaiti kļuva Ķēstuta dēls Vītauts Dižais, kas 1413. gadā Hordolo (Horodło) parakstīja vienošanos ar savu brālēnu Jagaili, kas paredzēja Lietuvas dižkunigaitijas administratīvo reformu un vaivadiju izveidi. Pēc Livonijas ordeņa sagrāves 1565.-1566. gadā Traķu vaivadijai pievienoja Kauņas pilsētu un Upītes zemi.
1569. gadā pēc Polijas-Lietuvas ūnijas izveides, tā kļuva par "Abu tautu kopvalsts" sastāvdaļu. Pēc Trešās Polijas-Lietuvas dalīšanas 1795. gadā Traķu vaivadijas austrumu un ziemeļu daļas Nemunas labajā krastā anektēja Krievijas Impērija un iekļāva jaunizveidotās Lietuvas guberņas sastāvā, bet rietumu daļu Nemunas kreisajā krastā anektēja Prūsijas Karaliste.
Administratīvais sadalījums
Traķu pavieta (Trakų pavietas, Троцкі павет, 1413—1795)
Grodņas pavieta (Gardino pavietas, Гарадзенскі павет, 1413—1793)
Kauņas pavieta (Kauno pavietas, Ковенскі павет, 1565—1795)
Upītes pavieta (Upytės pavietas, Упіцкі павет, 1566—1795)