Kaimas įkurtas Žalgirio miške, Rupkalvių pelkėje. Kaimo teritorija pradėta kultūrinti XIX a. pirmoje pusėje, antroje pusėje įkurta pelkininkų kolonija. Dabartinio Žalgirių kaimo teritorija buvo pradėta kolonizuoti 1835 m. 1849 m. nuomininkai jau pradėjo statytis namus ir 1861 m. šie būstai buvo įteisinti kaip nuolatiniai pastatai. 1865 m. atlikus geodezinius tyrimus, nustatyta, kad Rupkalvių aukštapelkė ir aplinkinės teritorijos tinka kolonizavimui. Tam tikslui paskirta 7252 iš 11813 ha teritorijos tarp Šyšos ir Leitės upių, dešiniajame Nemuno krante.
1872 m. pro gyvenvietę nutiestas plentas Šilutė–Rusnė. Kolonija pavadinta Bismarku (vok.Bismarck, Bismark – tuometinio Prūsijos vadovo ir Vokietijos imperijos įkūrėjo Oto fon Bismarko (Otto von Bismarck) garbei). 1923 m. pavadinimas pakeistas į Žalgirius, 1939–1945 m. vėl grąžintas pirmasis pavadinimas.
1878 m. įsteigta pirma pradinė mokykla, 1886 m. – antra. 1906 m. kaimas labai nukentėjo nuo pavasarinio potvynio. Žalgirio kolonijos vakarinė dalis priklausė Rusnės, rytinė – Šilokarčiamos (iki 1912 m. Verdainės) parapijoms. Gyventojų pagrindinis verslas buvo durpių kasimas, bulvių auginimas.
Po Antrojo pasaulinio karo iš esmės pasikeitė gyventojų tautinė sudėtis. Sovietmečiu Žalgiriai priklausė Jonaičių apylinkei, nuo 1997 m. – Šilutės seniūnijai. 1997 m. Žalgiriuose buvo 30 ūkių, 2003 m. galvijus laikė 16 ūkių (78 vienetus).
