Gimnazija įkurta 1918 m. gegužės mėnesį. Gimnazijos įkūrėjas ir pirmasis direktorius – Vincentas Vizgirda. Nuo 1918 m. rugsėjo mėn. gimnazijai vadovavo Ignas Starkus. Jam vadovaujant buvo pastatyti gražūs dviaukščiai gimnazijos rūmai, kuriuose ji dirbo 1922–1944 m.
Graži buvo gimnazijos aplinka: gėlynai, parkas, sporto aikštelės, sodas. Gimnazija buvo klasikinio tipo. Joje dėstoma tikyba, lotynų, lietuvių, vokiečių, prancūzų, graikų (iki 1927 m.) kalbos, filosofija, matematika ir kiti dalykai. I. Starkus buvo geras organizatorius, gimnazijoje vyravo griežta tvarka. Gimnazijoje lotynų ir lietuvių kalbas dėstė mokinių numylėtinis kunigas Jasaitis, vokiečių kalbą – eruditas B. Laukaitis, matematiką – A. Vaitkevičius ir kiti.
1944 m. gimnazija sudegė, teko kraustytis iš vietos į vietą. Metus glaudėsi Barzdų mergaičių namų ruošos mokykloje, vėliau – Lukšiuose. 1950 m. gimnazija tampa Šakių vidurine mokykla. 1958 m. švenčiant 40-metį, ji pavadinama Zigmo Angariečio (1882–1940) vardu. 1990 m. tampa Šakių 1-ąja vidurine mokykla, 1993 m. – Šakių „Žiburio“ vidurine mokykla.
Nuo 1995 m. rugsėjo 1 d. mokykloje leidžiama atidaryti humanitarinę ir realinę gimnazijos klases. 1998 m. rugsėjo 1 d. atkuriama Šakių „Žiburio“ gimnazija ir perkeliama į buvusios pradinės mokyklos patalpas. 1999 m. birželio mėnesį išleista 1-oji atkurtos gimnazijos abiturientų laida, gimnaziją baigė 34 moksleiviai, 18 humanitarių ir 16 realinės klasės gimnazistų. Nuo 1999/2000 m. m. gimnazijoje įvestas profilinis mokymas. Yra du profiliai: realinis ir humanitarinis. Humanitarinis turi dvi pakraipas: socialinių mokslų ir lituanistinę. Realinis irgi dvi pakraipas: tiksliųjų mokslų ir ekonominę.
1999 m. liepos 4 d., švenčiant Šakių miesto 400 metų jubiliejų, prie gimnazijos atidaryta memorialinė lenta Juozui Orentui, pedagogui, tarpukario Lietuvos visuomenės veikėjui, Šakių pradinės mokyklos statybos iniciatoriui ir vedėjui. 2001 m. balandžio 19 d. Šakių „Žiburio“ gimnazija tapo asocijuota UNESCO mokykla. 2003 m. sausio 27 d. bendrabučio patalpose atidaryta distancinio mokymo klasė. Gauti devyni nauji kompiuteriai, spausdintuvas, ekranas, videokamera, baldai. Klase galės naudotis visi besimokantys.