Gimė lietuvio tremtinio daktaro Juozo Dubeneckio ir daktarės Repinos šeimoje. Tėvas buvo gydytojas, išpažino stačiatikių tikėjimą, tad sūnus buvo užregistruotas kaip Vladimiras Josifovičius Dubeneckis (rus.Владимир Иосифович Дубенецкий). VLE nurodo gimimo vietą Zmeinogorske ir datą 1888 m. rugsėjo 6 d.,[2] nors profesorius Mykolas Songaila, 1933 m. išsamiai aprašydamas V. Dubeneckį, yra nurodęs kiek kitaip. Jo žiniomis, buvo likę du V. Dubeneckio pasai – rusiškas ir lietuviškas: pagal rusiškąjį jis gimęs 1888 m. Barnaule, pagal lietuviškąjį – 1887 m. Vilniuje. M. Songaila mini, kad žmonių, žinojusių architekto privatų gyvenimą, duomenimis, V. Dubeneckis gimė Vilniuje, bet pirmaisiais vaikystės metais buvo tėvo išvežtas į Sibirą, kur jo tėvas buvo išsiųstas kaip politiškai neištikimas elementas.[3] Barnaulo ir Zmeinogorsko dviprasmybė nurodoma ir kai kuriuose rusiškuose šaltiniuose.[4]Paulius Galaunė1937 m. tvirtino, kad būsimasis architektas gimė 1888 m. rugpjūčio 25 d.[5]
1906–1914 m. V. Dubeneckis studijavo architektūrą Aukštojoje menų mokykloje prie Peterburgo dailės akademijos, pas Leontijų Benua. Vėliau joje ir dirbo. 1917 m. jam suteiktas profesoriaus vardas. Čia susipažino su būsimąja žmona Olga, su kuria susituokė 1918 m. pabaigoje.[6]
Vienas Lietuvių meno kūrėjų draugijos steigėjų, Valstybės archeologijos komisijos, Lietuvos inžinierių ir architektų sąjungos steigėjų, 1925–1932 m. Architektūros sekcijos pirmininkas. Rūpinosi architektūros paminklų apsauga, Valstybės archeologijos komisijos narys. 1927–1929 m. profesoriavo, dėstė kompoziciją ir perspektyvą Meno mokykloje. 1930–1931 m. dėstė Vytauto Didžiojo universitete.[7]
Nuo 1919 m. turėjo Lietuvos pilietybę, ir nors lietuvių kalbos neišmoko, bet jautėsi Lietuvos krašto patriotu. V. Dubeneckis mirė 1932 m. Karaliaučiaus ligoninė nuo kepenų cirozės, palaidotas Kaune, Petrašiūnų kapinėse. Antkapinį paminklą sukūrė architektas Mykolas Songaila ir skulptorius Juozas Zikaras.
↑Prof. M. Songaila. „Vladas Dubeneckis. Kaip dailininkas-architektorius, visuomenės veikėjas ir kaipo žmogus“. – Žurnalas „Technika ir ūkis“, 1933 m. Nr. 7. // psl. 221