Svarbiausios religijos Japonijoje yra budizmas ir šintoizmas (神道, „dievų kelias“). Daugelis japonų nepriskiria savęs vienai konkrečiai religijai, bet teigia išpažįstantys jas abi. Sinkretizmas - labai dažnas reiškinys Japonijoje - tas pats žmogus gali susituokti pagal krikščioniškąsias tradicijas, bet būti palaidotas budistų šventykloje, o Japonijos gatvės šventiškai pasipuošia ir per Tanabatą, ir Bon festivalį, ir per Kalėdas.
Šintoizmas
Šintoizmas yra viena plačiausiai praktikuojamų religijų Japonijoje, taip pat ir vietinė religija, visiškai susiformavusi ir paplitusi tik Japonijoje. Šintoizmo, religijos, kurioje išreiškiama ypatinga pagarba gamtai, ištakos siekia priešistorinius laikus.
Budizmas
Budizmas Japonijai buvo pristatytas VI a. Bekdže karaliui atsiuntus Japonijos imperatoriui Budos paveikslą ir sutras. Japonijos aristokratai pastatė daug budistų statulų ir šventyklų tuometinėje sostinėje Naroje.
Iš dviejų tradicinių religijų išsivystė daugybė religinių judėjimų, bendrai vadinamų Shinshūkyō, kurie, kartu sudėjus, išplito labiau nei krikščionybė.
Religinės mažumos
Krikščionybė
Krikščionybė į Japoniją atkeliavo XVI a. su Pranciškumi Ksaveru ir išplito platinama misionierių. Tačiau ji netrukus buvo uždrausta, o jos išpažinėjai buvo persekiojami ir žudomi iki Meidži eros. Dabar Japonijoje gyvena nuo 1[1] iki 3 milijonų krikščionių[2].
Kadangi Japonijoje nėra atliekami oficialūs surašymai pagal religiją, tikslus musulmonų skaičius nėra žinomas. Tyrėjų teigimu 2019 m. Japonijoje buvo apie 230 000 islamo išpažinėjų (0,18 % visų gyventojų).[3]
Judaizmas
Judaizmas praktikuojamas maždaug 600 Japonijoje gyvenančių amerikiečių ir europiečių.[4] Japonijoje yra sinagogų Tokijuje ir Kobėje. Be to, ši religija yra praktikuojama keliose Japonijoje įkurtose JAV karinėsė bazėse. Japonijoje įsikūrusi ir krikščioniška - judaistinė sekta Makuya, kurios nariai save kildina iš dingusių Izraelio genčių (Dan ir Zebulum).
Kobėje ir Tokijuje taip pat veikia labai maža sikhų bendruomenė. Šią religiją išpažįsta imigrantai iš Indijos ar indų kilmės asmenys.
Religija ir įstatymai
Tikėjimo laisvę Japonijoje įteisina 20-as Japonijos konstitucijos straipsnis teigia „Garantuojama tikėjimo laisvė. Valstybė nesuteikia privilegijų jokioms religinėms organizacijoms.“