Spėjama, kad vietovardis kilęs nuo nepaliudyto asmenvardžio Pernaras (plg. Pernaráuskas, Pernarãvičius).[2] Šis – galbūt iš vokietybės per̃naras („juokdarys, šaipūnas“).
Liaudies etimologija pasakoja, kad Gedimino laikais čia buvęs žirgynas. Žirgus pervarant iš vienos vietos į kitą, šią vietą vadino „pernuvara“.[3]
Istorija
Kaime rasti 7 senoviniai akmeniniai kirviai. Yra Pernaravos kapinynas, kuriama rasta žmonių palaikų ir II–XIII a. dirbinių. Rasta XVIII–XIX a. kapavietė.
1371 m. Pernaravą puolė kryžiuočiai (minima kaip Parvern). XVI a. minimas Pernaravos dvaras, laukas, bajorkaimis. 1671 m. pastatyta pirmoji Pernaravos bažnyčia (švento gojelio vietoje). XVIII a. pabaigoje buvo vaitystės centras. XIX a. viduryje veikė parapinė mokykla. XIX a. pabaigoje Pernarava buvo kaimas Kauno apskrityje, Benedikto Tiškevičiaus valda. Veikė senelių prieglauda, spirito varykla.[4]
1919 m. Jadvyga Juškytė įkūrė Lietuvos šaulių sąjungos skyrių, XX a. 3–4 dešimtmetyje veikė Lietuvos katalikių moterų sąjungos skyrius, pavasarininkai, jaunalietuviai. 1944 m. gruodžio 11 d. naktį miestelį puolė Lietuvos partizanai, granatomis apmėtė ir padegė NKVD ir valsčiaus pastatus.[5]
Pokario metais apylinkės veikė Vyčio apygardos, Briedžio partizanų rinktinės Lietuvos partizanai.