Lietuvos didysis kunigaikštisGediminas savo 1323 m. laiškeLiubeko, Rostoko, Zundo, Greifsvaldo, Štetino ir Gotlando miestams mini, kad kunigaikštystėje yra dvi Pranciškonų bažnyčios (Vilniuje ir Naugarduke): lot.duas ecclesias Fratrum Minorum unam in civitate nostra regia Vilna dicta et aliam in Noygardis habemus erectas. Pastarėji trys lotyniški žodžiai (liet.Naugarduke iškėlėme) leidžia manyti, kad ši bažnyčia buvo pastatyta jo paliepimu ar lėšomis. Kitais duomenimis, pranciškonai šioje vietovėje jau 1312 m. buvo įsikūrę, Lietuvos didysis kunigaikštis Vytenis jiems buvo pastatęs bažnyčią ir vienuolyną. Kai kryžiuočiai šventoves sugriovė, Ldk Gediminas Naugarduke ir Vilniuje pranciškonų bažnyčias atstatė.[1] Senoji pranciškonų bažnyčia neišliko.
Dabartinės pastatas atsirado 1718 m. Naugarduko pastalninkio Tomo Vainilavičiaus rūpesčiu (kitais duomenimis 1780 m.) ir buvo pranciškonų vienuolijos Šv. Antano bažnyčia. Po 1831 m. sukilimo carinė valdžia katalikų vienuolyną uždarė, o bažnyčios pastatas 1846 m. pertvarkytas į stačiatikių cerkvę. Ji pavadinta Šv.Mikalojaus – Rusijos imperatoriaus Nikolajaus I globėjo – vardu. Po 1852 m. gaisro šventovė buvo perstatyta ir įgavo pseudobizantinės architektūros bruožų.
Barokinis frontonas tapo trijų tarpsnių, buvo rekonstruota varpinė su svogūno formos viršūne. Pastatas plane liko stačiakampis, su trikampe apside. Šoninės navos perdengtos kryžminiais skliautais. Ant vienos iš vidinių sienų pritvirtinta Naugarduko teisėjo Kmitos atminimo lenta. XIX a. antroje pusėje įrengtas medinis altorius–ikonastasas su trylika ikonų. Kabo XVIII a. tapytas Odigitrijos Dievo Motinos paveikslas. Šalia cerkvės tebestovi dviaukštis buvęs pranciškonų vienuolynas, dabar naudojamas kaip gyvenamasis namas.
Nuo 1992 m. atkūrus Naugarduko stačiatikių parapiją, Šv.Mikalojaus cerkvė tapo soboru.