Moldavijos tarptautiniai santykiai pradėjo plėstis po šalies nepriklausomybės paskelbimo nuo Tarybų Sąjungos. Oficialiai šalis stengiasi būti neutrali ir siekia tapti ES nare.
1995 m. Moldavija tapo pirmąja NVS valstybe, kurią pripažino Europos Taryba. Nuo 1992 m. šalis dalyvauja įvairiose NATO taikos palaikymo misijose, priklauso Jungtinėms Tautoms ir kitoms svarbioms pasaulio organizacijoms.
2005 m. Moldavija ir ES pradėjo veiksmų planą siekiant glaudesnio bendradarbiavimo.
Ypač sudėtingi santykiai Moldaviją sieja su vakarine jos kaimyne Rumunija. Tarp 1918-1940 m. didelė Moldavijos dalis priklausė Rumunijai, o kalbininkai sutaria, kad šių abiejų šalių kalbos yra identiškos. Rumunija nuolat kelia klausimus dėl Moldavijos Padniestrės dalies, kurios didelė gyventojų dauguma norėtų prisijungti prie kaimynės. Nuo 1994 m. abejose šalyse veikė bevizis režimas, tačiau jis pasibaigė 2007 m. sausio 1 d., kai Rumunija tapo ES nare. Šis faktas pastūmėjo kai kuriuose Moldavijos žmones pasirinkti Rumunijos pilietybę.
Didelių sukilimų kyla Moldavijos dalyje Padniestrėje. Joje gyvena daugiau nei 60 proc. ne Moldavijos piliečių. Ši dalis atsiskyrė Moldavijai paskelbus nepriklausomybę nuo Tarybų Sąjungos. Šis regionas turi savo de facto vyriausybę.