Malaizijai priklausančioje Borneo salos dalyje vyrauja kalvos ir 2000−2400 m aukščio kalnagūbriai, daugiausia iš granito, kristalinių skalūnų ir smiltainių. Pajūryje yra žemumų. Čia yra aukščiausias Malaizijos taškas − Kinabalaus kalnas (4101 m; Borneo šiaurėje).
Didumą Malakos pusiasalio užima kalvos ir 1000−2000 m aukščio kalnai, susidarę iš granito, kvarcito, klinčių, molio skalūnų. Svarbiausi kalnagūbriai - Tahano (aukščiausias taškas − Tahano kalnas, 2190 m) ir Titivangsos (aukščiausias taškas − Korbu, 2183 m). Pakrantėse ir pusiasalio pietuose yra aliuvinių žemumų.
Malaizijoje daug upių, ištekančių iš kalnynų. Nors jos palyginti trumpos, bet vandeningos ištisus metus. Ilgiausios (>500 km) Borneo salos upės: Radžangas, Baramas, Kinabatanganas; ilgiausia Malakos pusiasalio upė − Pahangas (320 km).
Klimatas
Klimatas Malaizijoje jūrinis ekvatorinis, Vakarų Malaizijos šiaurėje − musoninis subekvatorinis. Mėnesių vidutinės temperatūros lygumose 25−28 °C. Paros temperatūros amplitudė iki 15 °C. Pakrantėse iškrinta 2000−2500 mm kritulių per metus, kalnuose kai kur iki 4000 mm, Kinabalaus kalno šlaituose >5000 mm.
Dirvožemiai Malaizijoje daugiausia sujaurėję lateritiniai, žemumose − aliuviniai.
Augalija ir gyvūnija
Apie 3/4 Malaizijos teritorijos (ypač lygumos ir kalnų šlaitai iki 1500 m) apaugę drėgnaisiais visžaliais tropiniais miškais (palmės, paparčiai, pandanai, bambukai). Aukščiau kalnuose auga subtropiniai miškai, tarpukalnių įdubose − kserofitiniai krūmokšniai, pakrantėse − mangrovės.
