Miestas klestėjo tarp maždaug 1220–1440 m. Miestas įkurtas 1221 m. majams sukilus prieš toltekų kilmės Čičen Icos valdžią. Naujo miesto vieta parinkta šalia sukilėlių vado Hunak Seelio gimtinės. Miestas apjuostas gynybine siena. Majapaną valdė Kokomų dinastija. Pagal kai kurias kolonistinio laikotarpio kronikas skelbiama, kad miestas gyvavęs tuo pat metu kaip ir Čičen Ica bei Ušmalis, tačiau archeologiniai radiniai to nepatvirtina. 1441 m. Ah Šupanas iš vietinės didikų klasės surengė sukilimą prieš Kokomus. Dauguma valdančiosios dinastijos narių buvo išžudyta, miestas nusiaubtas ir apleistas. Žlugus Majapanui nebeliko vieningo valdovo Jukatane, regionas susiskaidė į tarpusavyje kariaujančius miestus-valstybes.
Majapane išlikęs šventyklų ir dvarų kompleksas, aikščių, gyvenamųjų namų, observatorijų liekanos. Tačiau savo architektūra miestas gerokai nusileidžia Čičen Icai ar Ušmaliui. Manoma, kad mieste gyveno ~12 tūkst. gyventojų.
