1941 m. dalyvavo birželio sukilime, liepą tapo Telšių apskrities LAF vadovu. 1941-ųjų rugpjūčio 3 d. Laikinosios Vyriausybės buvo paskirtas Šiaulių apskrities viršininku. Šias pareigas užimdamas, tą patį mėnesį pasirašė prieštaringai vertinamą įsakymą visus Šiaulių apskrityje gyvenusius žydus perkelti į Žagarės getą. Šiaulių kunigo jėzuito J. Borevičiaus, pripažinto žydų gelbėtojo, liudijimu - J. Noreika organizavo pogrindinį žydų gelbėjimo tinklą, sudarant sąlygas žydams pabėgti iš Šiaulių geto. 1943 m. kovą kartu su grupe žymių Lietuvos žmonių baudžiant už pasipriešinimą lietuvių SS legiono kūrimui nacių suimtas ir uždarytas į Štuthofo koncentracijos stovyklą, kur kalėjo iki 1945 m. sausio 25 d. Mobilizuotas į sovietų kariuomenę, grįžęs į Lietuvą ėmėsi antisovietinės veiklos, dalyvavo Lietuvos Tautinės Tarybos veikloje. 1946 m. kovo mėn. sovietų suimtas ir 1947 m. vasario 26 d. sušaudytas.
Biografija
Jaunystė
1921 m. įstojo ir 1929 m. baigė Šiaulių gimnaziją. Tais pačiais metais įstojo į Kauno karo mokyklą. Ją baigus, 1931 m. spalio mėn. 24 d. jam suteiktas jaun. leitenanto laipsnis. Toliau tarnavo 7-ajame Lietuvos didžiojo kunigaikščio Butigeidžio pėstininkų pulke. 1933 m. pasitraukė į atsargą ir Kauno Vytauto Didžiojo universitete pradėjo teisės studijas. Tais pačiais metais išleido nedidelės apimties knygelę “Pakelk galvą, lietuvi”, kurioje ragino lietuvių jaunimą mokytis, plėsti lietuvišką prekybą, nepirkti prekių iš žydų, gerinti žemės ūkį ir neparduoti žemės svetimtaučiams.[1]1935 m., nenutraukdamas mokslo, grįžo karinėn tarnybon. 1936 m. gruodžio mėn. susituokė su Antanina Krapavičiūte. 1936 m. gruodžio 31 d. jam suteiktas leitenanto laipsnis. Tarnyba ir šeimos rūpesčiai nesutrukdė 1938 m. baigti studijų universitete. Jam suteiktas leitenanto laipsnis.
1938–1940 m. dirbo Lietuvos kariuomenės teismo sekretoriaus padėjėju. Kartu aktyviai bendradarbiavo karinėje spaudoje, buvo karininkams skirto žurnalo „Kariūnas“ redaktorius. Už 1939 m. žurnale „Karys“ išspausdintus rašinius jam paskirta kariuomenės vado premija. Kaip aktyvus publicistas pažymėtas jubiliejiniame, žurnalo dvidešimtmečiui skirtame numeryje. 1939 m. lapkričio 28 d. Respublikos Prezidento aktu suteiktas kapitono laipsnis.
Antrasis pasaulinis karas
1940 m. Lietuvą okupavus SSRS, spalio 28 d. liaudies kariuomenės Krašto apsaugos ministerijos vyriausiosios likvidavimo komisijos pirmininko įsakymu, kaip ir daugelis kitų karininkų, paleistas į atsargą. Žemaitijoje rengė 1941 m. birželio mėn. sukilimą. Jo atstovas dalyvavo 1941 m. birželio 19 d. Kaune rengtame LAF vadų posėdyje.[2]
Lietuvių aktyvistų fronto įgaliotinis Telšių apskrityje 1941 m. liepos mėn. Leido pogrindinį laikraštį „Žemaičių žemė“. LAF Telšių įgaliotinio pavaduotojas, Bronius Juodikis, surengė visų Telšių žydų vyrų išžudymą, liepos mėn. 15-17 d.[3]
Voldemarininkams surengus pučą prieš Lietuvos laikinąją vyriausybę, liepos 31 d. vadovavo Žemaičių žemės LAF delegacijai, kuri Kaune pasiūlė,
kad Lietuvos Aktyvistų Frontas ir „Geležinis Vilkas“ kurtų Lietuvių Nacionalistų Partiją, kuri turės būti Lietuvoje vienintelė politinė organizacija. Į ją turi įeiti tikri lietuviai nacionalistai. Lietuvių Nacionalistų Partijos laikinuoju vadu (kol grįš prof. A.Voldemaras) pripažinti p. Joną Karutį ir jam pavesti sudaryti LNP štabą.[4]
1941 m. rugpjūčio 3 d. Laikinoji vyriausybė paskyrė J. Noreiką Šiaulių apskrities viršininku. Rugpjūčio 13 d. J. Noreika, kartu su visais Lietuvos burmistrais susitiko su Šiaulių apygardos komisaru H. Gewecke, nurodžiusiu kiekviename mieste steigti getus.[5] Rugpjūčio 22 d. J. Noreika perdavė valsčių viršaičiams ir miestelių burmistrams H. Gewecke įsakymą dėl apskrities žydų perkėlimo į Žagarės getą, įkurtą dar prieš J. Noreikai pradedant eiti pareigas Šiaulių apskrities administracijoje,[6] išreiškė pasiūlymą steigti prievartinio darbo stovyklą,[7] vėliau taip pat organizavo žydų turto nusavinimą Šiaulių apskrities administracijos žinion.[8] Todėl kai kurie vertina J. Noreiką kaip asmenį prisidėjusį prie žydųgenocido.[9][10]
Frontui artėjant prie Vokietijos, 1945 m. sausio 25 d. prasidėjo skubi Štuthofo kalinių evakuacija. J. Noreika buvo pirmoje 823 evakuojamų kalinių grupėje. Daugelis asmenų šioje grupėje mirė nuo ligų ar išsekimo, kiti buvo sušaudyti ir vos po kelių dienų iš grupės liko 230 kalinių. Kartu su J. Noreika grupėje buvęs prof. Vladas Jurgutis susirgo šiltine ir dėl išsekimo nebegalėjo eiti. J. Noreika pagelbėjo V. Jurgučiui, tokiu būdu galimai išgelbėdamas jį. Per šį laiką ir pats J. Noreika buvo susirgęs šiltine.
Antisovietinis pasipriešinimas
1945 m. J. Noreika turėjo galimybę pasitraukti į Vakarus, kur jau buvo žmona ir duktė, tačiau nuspręndė likti Lietuvoje. Gegužę buvo paimtas į SSRS rezervinę kariuomenę.
1945 m. lapkritį atvyko į Vilnių ir apsigyveno pas V. Jurgutį, kuriam po poros mėnesių tardymų MGB rūsiuose buvo leista dirbti Vilniaus universitete. Advokatui V. Kisieliui tarpininkaujant 1945 m. pabaigoje įsidarbino Mokslų akademijoje juriskonsultu ir ėmė ieškoti ryšių su antisovietiniu pogrindžiu. Patyręs, kad daugelis pogrindžio grupių veikia atskirai, nusprendė jas suvienyti.
1946 m. pradžioje J. Noreika, Ona Lukauskaitė-Poškienė, Stasys Gorodeckis, Zigmas Šerkšnas-Laukaitis įkūrė Lietuvos Tautinę Tarybą (LTT), kurios pagrindinis tikslas – atkurti nepriklausomą, demokratinę valstybę. Taryba turėjo parengti prielaidas jos atkūrimui. Buvo sudaroma ir laikinoji civilinė vyriausybė, į kurią turėjo įeiti profesoriai Leonas Bistras, Vladas Jurgutis, Balys Sruoga, Kazys Šalkauskis, Antanas Žvironas bei kiti žinomi prieškario Lietuvos politiniai veikėjai. Buvo sudaryta Lietuvos ginkluotųjų pajėgų vyriausioji vadovybė. J. Noreika tapo pogrindžio ginkluotųjų pajėgų vyriausiuoju vadu. Lietuvos kariuomenės kapitono pasirinktas slapyvardis – Generolas Vėtra, darė įspūdį ne tik pogrindžio kovotojams, bet ir sovietų kontržvalgybai.
LTT intensyviai ruošėsi būsimam sukilimui – leidžiamos instrukcijos, direktyvos, atliekamas organizacinis darbas, kuriamos karinės apygardos, ryšių su jomis sistema. Užmegzti ryšiai su išlikusiais 1945 m. TSRS kariuomenės išblaškytos Lietuvos laisvės armijos kovotojais. Buvo suburti keli batalionai karių, daugiausia iš tarnavusiųjų Lietuvos kariuomenėje. Tačiau būtent karinė drausmė bei subordinacija, nemokėjimas veikti konspiruotai ir sužlugdė organizaciją.
Lietuvoje veikusios sovietų represinės struktūros, dėdamos pastangas sunaikinti rezistencinį judėjimą, pirmiausia stengėsi sunaikinti visus judėjimo vadovus. 1946 m. kovo-balandžio mėn. buvo suimtas nemažas būrys Lietuvių tautinės tarybos ir Žemaičių legiono vadovybės. Daugeliui jų, po ilgų tardymų ir kankinimų, buvo paskirta mirties bausmė. 1947 m. sausio 17 d. nužudytas Lietuvos laisvės armijos organizatorius ir veikėjas Juozas Staugaitis ir vienas Žemaičių legiono vadovų, palaikęs glaudžius ryšius su Jono Noreikos įkurta Lietuvių tautine taryba Jonas Semaška-Liepa.
J. Noreika kartu su O. Poškiene ir S. Gorodeckiu buvo suimtas 1946 m. kovo 16 d. Būdamas kariniu teisininku per tardymus argumentuotai nepripažino sovietinio teismo legitimumo jiems okupuotoje Lietuvoje, tuo siutindamas ir keldamas sumaištį karinio tribunolo nariams. Tardomas visą kaltę prisiėmė sau, kad palengvintų kitų dalią. 1946 m. lapkričio 22 d. Vilniuje posėdžiavęs Karinis tribunolas paskelbė nuosprendį. Jonas Noreika ir Šerno partizanų bataliono vado pavaduotojas Zigmas Šerkšnas-Laukaitis buvo nuteisti mirties bausme sušaudant. Didelės bausmės paskirtos ir kitiems jų bendražygiams. Ilgą laiką nieko nežinota apie Jono Noreikos likimą. Tik Atgimimo metais paaiškėjo, kad J. Noreika 1947 m. vasario 26 d. (buvo spėliojama, kad specialiai vasario 16 d.) sušaudytas Vilniuje, MGB būstinėje, o jo kūnas užkastas Tuskulėnų parke.
Tiesioginiai palikuonys gyvena JAV: anūkė Silvia Foti Čikagoje, anūkas vakarinėje pakrantėje.
Atminimo įamžinimas
Antakalnio kapinėse paruošta simbolinė kapo vieta perlaidojimui ir pastatytas paminklas (priešais Sausio 13-osios aukų memorialą). Yra spėjama, kad tarp Tuskulėnų masinėse kapavietėse ekshumuotų palaikų yra ir J. Noreikos palaikai, bet įvairios ekspertizės iki šiol tai nėra pilnai patvirtinusios.
Atidengtas paminklinis akmuo Šukioniuose (Pakruojo raj.).
Atminimo lenta
Memorialinė lenta J. Noreikai buvo atidengta ant Lietuvos mokslų akademijos bibliotekos fasado Vilniuje, Žygimantų g. 1/8, 1997-iais. Dėl nevienareikšmiško J. Noreikos veiksmų vertinimo Lietuvos žydų bendruomenė prašė Vilniaus Savivaldybę iki Vilniaus Geto likvidavimo 75-mečio paminėjimo, t. y. 2018-ųjų rugsėjo 22-osios atminimo lentą nukabinti, tačiau į prašymą laiku atsižvelgta nebuvo.[11]2019 m. balandžio 8 d. lentą kūju sudaužė S. Tomas.[12] Balandžio 18 d. sutaisyta lenta buvo vėl pakabinta[13] ir galutinai nuimta 2019 m. liepos 27 d., argumentuojant tuo, jog siekta vienodo principo “visiems atminimo ženklams, kurie susiję su totalitariniais režimais – tiek kalbant apie Žaliojo tilto skulptūras, <…> tiek apie ženklą J. Noreikai.”[14] 2019 m. rugsėjo 5 d. visuomenininkai toje pačioje vietoje atidengė naują atminimo lentą, kurią pašventino vyskupas emeritas Jonas Kauneckas.[15] Miesto meras Remigijus Šimašius pareiškė, kad šios lentos nuimti neketinama.[16]
Ši istorija sulaukė ir tarptautinio dėmesio. 2018-ųjų rugsėjį pirmajame dienraščio “The New York Times” puslapyje pasirodė straipsnis, kuriame teigta, jog J. Noreikos istorinis vertinimas yra “išbandymas Lietuvai”.[17] 2019-ųjų rugpjūtį “Politico“ publikavo interviu su J. Noreikos anūke S. Foti, akcentuojant, jog minėta istorija atvėrė “senas Lietuvos žydų žaizdas”.[18] 2020-ųjų vasarį taip pat pasirodė BBC dokumentinis filmas, kuriame analizuojant holokausto neigimo formas buvo panaudotas J. Noreikos istorinio vertinimo Lietuvoje pavyzdys.[19]