Komanda ėmė burtis 2008 m. vasarą. Klubas pradėjo savo veiklą 2009 metų pavasarį. Idėja sukurti komandą kilo keletui žmonių, mėgėjiškai spardžiusiems kamuolį Šakių Aukuro mokykloje. 2009 m. pirmą kartą Šakiuose vyko SFL varžybos, kuriose debiutavo ir FK Nadruvis. Po vasaros sezono klubas taip pat dalyvavo Šakių rajono Futsal pirmenybėse 2009-2010 m.. Nuo 2010 m. FK Nadruvis pradeda dalyvauti Kauno apskrities 7x7 rengiamose pirmenybėse. FK Nadruvis dalyvauja įvairiuose mėgėjiškuose futbolo ir futsal turnyruose.
2013 m. klubas įregistruotas kaip VŠĮ Nadruvis. 2022 m. perregistruotas iš naujo.
2019 m. sudarė bendrą komandą su Šakių SMK Sparta ir žaidė Kauno III futbolo lygos pirmenybėse.[1] 2021 m. sudarė bendrą komandą su Jurbarko FK Imsrė.