Bankas savo istoriją skaičiuoja nuo 1919 m., kada šalies Laikinoji vyriausybė patvirtino banko įstatymą ir pervedė iš iždo į jo sąskaitą 10 mln. markių. Pirmieji banknotai buvo išleisti 1921 m.
Po sovietinės okupacijos 1940 m. Estijos bankas tapo TSRS valstybinio banko padaliniu. Indėliai kronomis buvo konvertuoti į rublius santykiu 1 krona = 1,25 rub., esant realiai perkamajai galiai 1 krona = 8,10 rub. 1941–1944 m. bankas dirbo kontroliuojamas okupacinės vokiečių valdžios, pokaryje tęsė sovietų centrinio banko padalinio veiklą.
Estijai atsisakius nacionalinės valiutos, centrinio banko funkcijos gerokai pasikeitė. Jei anksčiau jis tebuvo atsakingas už savo piniginio vieneto stabilumą, tai būdamas Europos centrinių bankų sistemos nariu, Estijos bankas vykdo vieningą euro zonos pinigų ir kreditų politiką. Vienu iš svarbiausių banko veiklos tikslų tapo kainų stabilumo užtikrinimas. Bankas ir toliau atsako už:
Estijos bankų sistemos vystymą, patikimumą, stabilumą;
finansų sistemos vystymą ir jos efektyvumą, vykdant mokėjimus ir atsiskaitymus;
.svg)
