Dzūkų aukštuma yra priskiriama „jauniausioms“ aukštumoms, nes baigta formuoti per paskutinį apledėjimą, maždaug prieš 18 000 metų. Galinės morenos buvo sustumtos į įvairių formų bei aukščio kalvas, tarp kurių susidarė gilios rinos, upės, dubakloniniai ežerai.
Dzūkų aukštuma pasižymi dideliu ežeringumu ir labai giliais kai kurių upių (pvz., Strėvos aukštupio) kloniais. Ji ne visur labai kalvota: kai kuriose vietose (pvz., Onuškio – Dusmenų – Pivašiūnų apylinkėse) yra gana didelių suplautinių lygumų.