Karalius Žygimantas Augustas1539 m. paskelbė dokumentą apie Baisogalos parapijos steigimą, bažnyčiai dovanojo 50 valakų žemės. Manoma, kad prieš tai buvo koplyčia be kunigo. Antroji medinė bažnyčia (kryžiaus plano) pašventina 1637 m., sudegė 1774 m. Ją atstojo laikina pastogė ant sudegusios bažnyčios pamatų. Bažnyčia 1781 m. atstatyta ir pašventinta.
Bažnyčia istoristinė, (turi neoromaninio stiliaus, neogotikos, neorenesanso architektūros bruožų), su priestatais, vienabokštė. Fasadų kampuose stiebiasi bokšteliai. Šventorius apjuostas aukšta akmenų ir plytų mūro tvora.