Atranka vyksta trim etapais: pirmajame tarpusavyje sužaidžia kelios silpniausios komandos, dėl galimybės patekti į kitą etapą. Antrame etape visos komandos padalinamos į 12 grupių - jų nugalėtojai bei dar 8 geriausios antros komandos patenka į 3 etapą. Šiame etape komandos padalinamos į penkias grupes. Grupių nugalėtojai patenka į pasaulio čempionatą. Drauge vyksta ir atranka į 2010 m. Afrikos Tautų taurę Angoloje. Į ją patenka paskutiniame etape į kiekvienos grupės top trejetą patekusios komandos.
Kadangi Alžyras ir Egiptas surinko vienodai taškų, o jų grupės rodikliai vienodi, todėl buvo žaidžiamos dar vienerios rungtynės, kuriose nustatytas grupės nugalėtojas.