요나단 마카베오 (히브리어 : יונתן הוופסי , 고대 그리스어 : Ἰωνάθαν Ἀπφοῦς 이오나탄 아푸스[* ] , ? ~ 기원전 143년 또는 기원전 142년 )는 헬레니즘 시대 유대인 의 3대 저항 지도자로 전 유대인 저항 지도자 마타티아스 의 아들이자 유다 마카베오 의 동생이다.
유대인들의 지도자 마타티아스 의 아들로 마타티아스가 죽자 그의 뒤를 이은 형 유다 마카베오 를 도와 이민족들을 무찔렀다. 셀레우코스 제국 의 군대를 격파하고 형제들과 함께 성전을 봉헌했고 이에 자극 받은 이민족들이 쳐들어오자 요르단강 을 건너 티모테오스 가 이끄는 이민족들을 무찔렀다.
유다 마카베오 가 셀레우코스 제국 의 데메트리오스 1세 가 이끄는 대군에 맞서 싸우다 전사하자 그의 뒤를 이어 3대 저항 지도자가 되었고 셀레우코스 제국 의 왕위를 탐내던 왕족 알렉산드로스 발라스 를 도와 그를 셀레우코스 제국의 왕위에 오르게 했다.
그리고 남은 데메트리오스의 잔당들도 무찔러 알렉산드로스로부터 큰 명예를 얻었다. 그러나 알렉산드로스가 이집트 의 프톨레마이오스 와 싸우다 전사하자 데메트리오스 2세 가 왕위에 오르고 요나단은 이를 경계해 일단 데메트리오스와 동맹을 맺는다.
그러다가 실수로 데메트리오스와 한 약속을 어기자 그의 부하 장수 디오도토스 트리폰 과 동맹을 맺는다. 그러나 트리폰이 데메트리오스의 아들 안티오코스를 죽이려 하자 이를 토벌하기 위해 출정했다가 붙잡히고 트리폰의 인질극에 휘말리다가 결국 살해당한다.
이후 그의 뒤를 이어 그의 동생 시몬 이 4대 유대인 저항 지도자로 오른다.
