고베 시 신칸센 중 주요 관문의 역이며 역 남쪽 시가지의 지역명인 "신코베"라는 지명은 존재하지 않지만 그 어원이 되고 있다. 신칸센의 전 영업 열차가 정차하는 주요 역 중 하나이다.
본 역은 고베 시가지 북쪽 끝 롯코 산의 산 자락에 위치하고 JR 역에서는 신칸센 단독역이며, 재래선의 접속은 없다. 이는 신칸센이 동서로 길쭉하게 뻗어 있어 고베 시가지를 피하고, 롯코 산 밑을 터널로 통과했기 때문이다. 장대한 롯코 터널과 고베 터널 사이의 작은 지상 구간에 신칸센의 플랫폼이 있고 플랫폼의 양단으로는 두 터널의 구강이 쉽게 확인할 수 있다. 이 지형상의 제약으로 대피선을 설치하지 못하고 본선에 직접 플랫폼을 설치했다. 이것은 도카이도 및 산요 신칸센의 "노조미" 정차역에서는 유일하다.
산노미야 등의 중심 시가지에는 지하철이나 버스로 연결되고 있으며, 호쿠신 급행 전철에서 아리마 온천 등 고베 시 북부, 산다시 같은 이면 롯코 지역과도 연결되고, 아와지섬과 도쿠시마현 방면으로 고속 버스와 신칸센과의 환승역 역할을 수행한다.
또한, 노선 호적상으로는 본 역이 기본적으로 고베 역과 동일 취급으로 산요 신칸센은 본 역을 경계로 신오사카 방면은 도카이도 본선이, 니시아카시 방면은 산요 본선의 별도의 노선으로 취급되고 있다.
본 역은 JR 서일본의 산요 신칸센과 고베 시영 지하철 야마테 선, 호쿠신 급행 전철 호쿠신 선의 각 3개의 회사에서 3개의 노선이 지나고 있다. 또한, 지하철 야마테 선은 세이신 선과 직통으로 "세이신·야마테 선"이라고 안내되고 있다. 세이신·야마테 선은 일부 열차가 본 역을 기점으로 호쿠신 선과 직통 운전을 하고 있기 때문에 이 두 노선은 동일역에서 서로 발착하는 역 번호로도 공통되는 역 번호인 "S02"가 부여되었다.
지상 2층에 대합실과 개찰구가 있고 지상 3층에 승강장이 있는 고가역의 구조이다. 개찰구는 자동 개찰기가 설치되어 있다.
상대식 승강장 2면 2선이다. 지형상의 제약 때문에 대피 설비가 없어서 스크린도어가 설치되어 있다. 스크린도어는 1978년 나부코로 설치되었다[3]. 이 플랫폼의 구조에서 신오사카역 발착의 산요 신칸센 내 완결 열차 및 규슈 신칸센 직통 열차와 도카이도 신칸센교토역으로 이동하는 직통 열차와 열차 상호 간의 승차 시간이 근소하여 동일 플랫폼에서 환승이 가능하여 신오사카 역보다 편리성이 더 높다.
2008년3월 15일 개정으로 인한 본 역의 첫차 추가로 니시아카시 역 시발의 "노조미"를 설정한 것도 이 역에 대피 설비가 없어서 차량의 야간 주박이 곤란하기 때문이다.
개업 당초에는 일부 속달 열차가 통과하였으나, 현행 다이어에서는 산요 신칸센의 전 영업 열차가 정차한다. 역 부분은 반경 3,000m의 커브로 돌면서 양쪽을 터널에 낀 구조로부터 완화 곡선 삽입이 불가능하여 통과 열차는 230km/h(500계의 "노조미" 운행 전 170 km/h까지 감속)로 통과하였다.
승강장은 신코베 오리엔탈 시티의 지하에 있고, 신칸센 역과 신코베 오리엔탈 시티는 보행자 데크와 지하도로 연결되어 있다.
지하 3층에 대합실과 개찰구가 있고, 지하 4층에 혼합식 승강장 2면 3선의 지하역이다. 다니가미 역 발착 열차는 당역에서 고베 시 교통국과 호쿠신 급행의 승무원이 서로 교대한다. 고베 시 교통국은 운전사와 차장이 승무하는 투맨 운전을 실시하고, 호쿠신 급행은 원맨 운전을 한다. 개찰구는 고베 누노비키 로프웨이 방향과 산요 신칸센 방향의 2개로 분리되어 있다.
고베 시영 지하철과 호쿠신 급행 전철이 함께 PiTaPa에 가입했고 두 회사들과 전국 교통계 IC카드의 상호 이용에 대응한다. 단, 2013년3월 23일부터 2015년3월 2일까지는 다니가미 방면으로는 전국 교통계 IC카드의 상호 이용 대상 외에서 고베 시영 지하철의 이용은 가능했지만 2015년 3월 3일 이후부터는 다니가미 쪽에도 Suica와 PASMO등 PiTaPa・ICOCA이외의 카드로 입장 가능해지고 이용할 수 있게 되었다.