나부 행성 사태가 있은 지 10년이 지난 시점, 은하 공화국을 구성하는 수많은 소은하계들, 행성들 중 점점 많은 숫자가 연합체 형태인 공화국으로부터 탈퇴 및 분리를 하려는 움직임을 일으키기 시작했다. 이러한 분리주의 운동의 핵심에는 두쿠 백작이 자리하고 있다. 두쿠 백작은 과거 제다이 마스터였으나 악의 포스를 받아들임으로써 다스 티라누스가 된 인물이다. 분리주의 운동으로 인해 은하계의 평화와 질서가 흔들리게 되었고, 이를 방지하고자 과거 나부 행성의 여왕이었던 파드메 아미달라 의원은 공화국 자체 군대를 창설하자는 법안을 제출한다. 팰퍼틴 의장은 이를 의회 표결에 붙여 법안을 통과시킨다. 의정 활동을 위해 먼 거리를 온 아미달라 의원은 정체불명의 존재로부터 암살의 위험에 처하고, 그녀를 경호하고자 두 명의 제다이 기사, 오비완 케노비와 아나킨 스카이워커가 동행을 하게 된다. 범인에 대한 단서를 잡은 오비완은 세부 조사를 위해 바다 행성 카미노로 떠나고, 그 사이 아나킨과 파드메는 금지된 사랑을 나눈다.