2000년8월 31일버진 블루란 이름으로 2대의 항공기와 200명의 종업원으로 설립해 시드니 공항에서 브리즈번 공항 국내선 노선을 운항하기 시작했다. 이후 오스트레일리아의 모든 주요 도시와 많은 관광지 취항 노선을 확대했다.
버진 그룹은 버진 블루가 실적 부진에 불구하고 꾸준히 운항했으나 2005년에 오스트레일리아의 운송 복합 기업인 패트릭 코퍼레이션(영어: Patrick Corporation)이 절반의 지분을 인수했다. 2002년 당시 오스트레일리아의 두 번째로 큰 항공사인 안셋 오스트레일리아가 파산되면서 고객을 많이 확보하는데 기여했다.
버진 오스트레일리아는 사우스웨스트 항공이나 라이언에어에 의해 개발된 것으로 마찬가지로 철저한 합리성을 추구하는 운영 방식을 채용하고 있다. 예를 들어 기내 서비스는 유료 항공권을 프린터로 인쇄하거나 전화 및 인터넷 예약 시스템을 사용하여 저렴한 비용으로 운영을 도모하고 있다. 한편 오스트레일리아의 최대 항공사인 콴타스 항공은 버진 오스트레일리아와 경쟁하기 위해 새로운 저비용 항공사인 제트스타 항공을 2004년에 설립했다. 붉은 도장 장비를 사용하고 있으며 또한 빨간 머리의 남자 'Blue'or 'Bluey'는 전통적인 오스트레일리아의 영어 속어로 사용하고 있다.
2003년9월에 버진 블루가 호주에서 뉴질랜드까지 운항할 수 있는 저비용 항공사 퍼시픽 블루를 운영하기 시작했다. 퍼시픽 블루는 또한 사모아 정부와 합작 투자한 폴리네시안 블루를 운영하기 시작했다. 현재 폴리네시안 블루는 버진 사모아로 변경되면서 현재에 이르고 있다. 하지만 2011년12월에 버진 오스트레일리아로 합병했다.
버진 오스트레일리아의 기내 서비스는 3 클래스 기반이며 아래와 같이 나눌 수 있다. 콴타스 항공의 자회사이자 저비용 항공사인 제트스타 항공과 다른 점은 저비용 항공사 (LCC) 대신 전체 경력이 있는 이코노미 클래스를 포함하는 기내식 시트 TV (기내 엔터테인먼트) 담요와 베개는 별도로 요금이 부과했다. 단 국제 이코노미 클래스의 경우 1 번째 기내식은 주류는 요금에 포함되어 있지만 추가할 경우 신용 카드 결제로 구입해야 한다. 프리미엄 이코노미와 비즈니스 클래스 음료수는 요금 없이 무료로 이용할 수 있다. 또한 기내 엔터테인먼트 시스템은 파나소닉의 eX2을 채용하고 있다. 그리고 음료수를 포함한 모든 기내 서비스는 유료로 제공되고 있지만 무상으로 제공되는 서비스는 없다.