닌텐도 종합개발본부[a](약칭 닌텐도 IRD)는 일본 회사 닌텐도 내에 존재한 콘솔 하드웨어 및 관련 주변기기를 개발하는 부서였다.
본래 1970년대에 공학자 타케다 겐요를 관리자로 둔 닌텐도 개발 제삼부[b](약칭 닌텐도 R&D3)로 출발했으며, 당시 닌텐도 사업에 관련있는 하드웨어 기술 개발이 주업무였으며 그 외 여러 아케이드 및 콘솔 게임들을 직접 개발하기도 했다. 2000년, 3D 기술이 산업의 주축이 돼면서 타케다의 개발진이 '종합개발본부'로 독립해 닌텐도 차세대 게임기에 필요한 하드웨어 연구 및 개발에 집중했다.
존속 당시 닌텐도 종합개발본부는 2가지 과로 나뉘었는데, 닌텐도의 가정용 게임기 하드웨어와 주변기기를 개발하는 과 '종합개발본부 (IRD)'와 닌텐도의 휴대용 게임기 하드웨어와 주변기기를 개발하는 과 '공학개발본부 (RED)'였다. 두 과 모두 다시 업무에 따라 세부단위로 분리해 일을 맡았다. 2013년 2월 16일, 닌텐도는 휴대용 게임기 개발을 맡은 닌텐도 RED가 닌텐도 IRD로 흡수됐음을 발표했다.[4][5][6]