예선, 1차 16강, 2차 16강 경기는 녹아웃 토너먼트 형태로 원정 다득점 원칙에 의하여 홈 앤드 어웨이 방식으로 열린다. CAF 챔피언스리그의 8강전에서 탈락한 여덟 팀은 CAF 컨페더레이션컵의 1차 16강전을 통과한 여덟 팀과 2차 16강 경기를 갖게 된다.
2단계
2차 16강전을 통과한 여덟 팀은 네 팀씩 2개 조로 나뉘어 조별 단계를 거친다. 각 팀은 세 상대팀과 홈 앤드 어웨이 방식으로 여섯 경기를 치르게 된다. 승리, 무승부, 패배는 각각 3, 1, 0점의 승점을 얻는다.
두 조의 1위 팀은 반대쪽 조의 2위 팀과 준결승전에서 맞붙고 준결승전의 승자가 결승전에서 맞붙는다. 결승전은 홈 앤드 어웨이 방식으로 치러지고, 합계 득점 수가 높은 팀이 우승을 차지한다. 본래는 두 조의 1위 팀끼리 결승전에서 맞붙는 방식이었으나 2009년부터 준결승전제로 전환되었다.
합계 득점 수가 같을 경우, 원정 다득점 원칙에 따라 원정 경기에서 더 많은 골을 넣은 팀이 이긴다. 만약 원정 경기에서 넣은 골이 같다면, 승부차기로 우승 팀을 가린다.
CAF 슈퍼컵
CAF 컨페더레이션컵의 우승 팀은 CAF 슈퍼컵에 진출하여 CAF 챔피언스리그의 우승 팀과 경기를 치른다. 경기는 다음 해에 CAF 챔피언스리그 우승 팀의 홈 구장에서 단판 승부 형식으로 열린다.
스폰서
과거에는 프랑스의 통신 기업인 오랑주가 스폰서를 맡았기 때문에 오랑주 CAF 컨페더레이션컵(Orange CAF Confederation Cup)이라는 이름으로도 불렀다. 2016년 7월에 프랑스의 석유 회사인 토탈이 2023년까지 9억 5,000만 유로 규모의 스폰서 계약을 체결했기 때문에 토탈 CAF 컨페더레이션컵(Total CAF Confederation Cup)이라고 부른다.