이번 첫 대회에서는 16개의 팀이 참여했으며, 리그전으로 치러졌다. 먼저 1라운드를 치르는데 한 조씩 각각 4개 팀이 속해 각각 한 팀씩 한 경기를 가진다. 그중 1라운드의 A조와 B조 1, 2위팀은 2라운드1조에, C조와 D조 1, 2위 팀은 2라운드 2조에 속해 다시 경기를 치른다. 그리고 2라운드의 4개의 1, 2위팀은 승자전을 통해서 결승전에 돌입하는데, 2라운드 1조의 1, 2위 팀끼리, 2조의 1, 2위 팀끼리 경기를 가진다. 그리고 그 경기의 승자는 그 팀끼리 서로 경기를 가지며, 그 경기에서 승리한 팀이 이번 대회에서 우승을 차지한다. 이러한 대진 방식에 대해서는 정상적이지 못한 대진 방식이며 미국에 유리한 방식이라는 논란이 많았다.[1]
1라운드가 시작되기 전, 일본의 스즈키 이치로 선수는 '대전 상대가 향후 30년은 일본을 이기는 힘들겠구나라는 생각이 들만한 내용으로 이기고 싶다.'(戦った相手が『向こう３０年は日本に手は出せないな』という感じで勝ちたいと思う。)[6]라는 발언을 하였다. 이를 대한민국의 언론에서는 대전 상대를 대한민국으로 해석한데다, 발언내용도 '현재의 대한민국의 야구가 앞으로 30년을 해도 일본에게 이길 수 없는 수준'이라는 내용으로 해석하여 대한민국 내에서 반이치로 감정이 고조되었다.
토너먼트 규칙
조별 리그 후 일반적인 순위별 교차 토너먼트를 하는 것이 아니라, 같은 조의 팀들이 재대결하도록 한 것이 논란이 되었다. 이에 미국이 강팀과의 대전을 피하기 위해 이번 대회의 대진표를 일반적이지 않은 재대결 방식으로 결정했다는 비난을 받았다.[7]
쿠바의 참가 여부
미국 재무부의 해외 자산 관리 사무소는 쿠바 대표팀의 미국 입국을 거부했다. 이는 미국 정부가 쿠바에 대한 금수 조치를 취하고 있기 때문에 쿠바가 배당금이 걸린 WBC에 참가하는 것은 금수 조치에 위배되기 때문이었다. 이 때문에 쿠바의 WBC 출전이 어려웠으나 메이저 리그 베이스볼 사무국과 선수 노조는 쿠바가 배당금을 받지 않는 조건으로 미국 입국을 허용했다. 쿠바의 피델 카스트로 국가평의회 의장도 WBC 배당금을 미국의 허리케인 피해자에 전액 기부하겠다는 의사를 표명했다. 쿠바의 WBC 참가를 향한 적극적인 움직임에 따라 미국 재무부도 쿠바 대표팀의 미국 입국을 허용했다.
약물 검사
세계반도핑기구는 IBAF의 약물 검사 프로그램을 비난하고 그 사건에 대한 제재를 철회하라고 위협했다.[8] 그리고 대한민국의 투수인 박명환은 약물 검사에서 양성 반응을 보여 WBC에서 퇴출당했다.[9]
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