1968-69년 유러피언컵위너스컵(1968-69 European Cup Winners' Cup)은 유러피언컵위너스컵의 9번째 대회이다. 슬로반 브라티슬라바가 결승전에서 바르셀로나를 누르고 우승을 차지했다.
결승전은 1969년 5월 21일 스위스 바젤에 위치한 장크트 야코프 경기장에서 열렸다.