페르통언은 아약스의 주전 수비수이며 주장이였다. 그는 2012년 여름 이적시장에서 많은 구단(아스날,토트넘,맨유,리버풀)의 구애를 받았으나,그는 가장 적극적이었던 토트넘 홋스퍼 FC에게 관심을 보였다. 토트넘 홋스퍼 FC와의 이적이 늦춰지는 데에도 불구하고 그는, 이적시장이 끝나는 날까지 끝까지 기다리겠다고 했으며, 일단은 아약스 일원임으로 최선을 다해 현재 소속팀에 뛰기로 하였다. 하지만, 그는 이적과 관련하여 팀훈련에 집중 하지 못하는 모습을 자주 보였고 아약스는 끝내 이적을 허락하였다.
토트넘 홋스퍼
2012년7월 8일 오랜 기다림끝에 결국 잉글랜드의 토트넘 홋스퍼 FC에서 메디컬 테스트를 거쳐 입단이 확정되었다. 이적 후 그는 주로 중앙 수비를 역할을 하기로 하였으나, 리그 초반 왼쪽 수비수인 베누아 아수에코토가 부상으로 이탈 하면서 그가 왼쪽 수비를 일시적으로 담당하게 되었다. 그 후, 왼쪽에서의 페르통언과 가레스 베일 두사람의 호흡은 아주 뛰어 났는데 특히, 2012년9월 30일맨체스터 유나이티드 FC과의 프리미어리그 6라운드 경기에서 23년 만에 올드 트래퍼드 원정 승리이면서 동시에 맨체스터 유나이티드 FC를 상대로 11년 만에 승리하는데에 큰 활약을 해주었다. 그 이후에도 얀 페르통언은 좌측 풀백과 센터백을 오가며 좋은 활약으로 팀의 수비에 크나큰 기여를 하였다.
