2000년에 국고보조금 지원을 받아 서귀포시가 설립을 추진하여 2006년에 개관하였다. 같은 해 행정구조 개편이 이루어지면서 제주시와 서귀포시가 운영하던 모든 도서관의 관리 주체가 제주특별자치도로 이관되고, 운영 주체도 제주특별자치도 사업운영본부 문화체육사업부가 되었다. 그러나 제주특별자치도의회가 사업운영본부를 6개월만에 폐지하고 기존 문화체육사업부의 업무는 관할 행정시장이 맡도록 조례를 개정하면서, 문화체육사업부의 여러 도서관운영사업소에서 나누어 운영하던 서귀포시 소재 도서관은 모두 서귀포도서관운영사업소 소속이 되어 2007년에 서귀포시로 이관되었다. 이후 서귀포시는 서귀포도서관운영사업소를 폐지하고, 주민생활지원국 문화예술과에 이들 도서관을 소속시켰다가 2008년 다시 서귀포시 도서관운영사업소를 신설하여 현재 서부도서관은 이곳에서 운영하고 있다.
